Với sự lây lan mạnh của Omicron và nhanh chóng trở thành biến thể chủ đạo tại nhiều quốc gia trên thế giới, các nhà khoa học đã bắt tay vào tìm hiểu về biến thể này, cũng như nguồn gốc của nó.
Trong khi các nhà khoa học có thể xác định rằng biến thể Omicron phát triển từ một biến thể đã lưu hành từ giữa năm 2020, nhưng họ lại chưa thể tìm thấy vật chủ trung gian mà Omicron tiến hóa thành biến thể như hiện nay. Có ý kiến cho rằng biến thể này đã lây cho một loài động vật và các đột biến xuất hiện khi biến thể lây lan ở loài động vật này trước khi lây ngược trở lại cho con người.
Một nghiên cứu đăng tải trên tạp chí "Journal of Biosafety and Biosecurity" gần đây dường như đã ủng hộ ý kiến trên. Nghiên cứu do Giáo sư Jianguo Xu thuộc Viện Phòng ngừa và Kiểm soát các bệnh truyền nhiễm quốc gia (CDC) Trung Quốc dẫn đầu, đã phát hiện ra rằng vật chủ trung gian nhiều khả năng là loài chuột. Theo Giáo sư Xu, nghiên cứu đã tính toán số lượng đột biến trung bình trong 5 VOC và tìm hiểu những đột biến chính trong protein S của virus, nơi bắt nguồn của sự lây nhiễm.
Các nhà khoa học đã phát hiện biến thể Omicron có các đột biến ở 5 vị trí chính của protein là K417, E484, Q493, Q498, và N501. Điều này cho thấy virus đã thích nghi để lây nhiễm sang các tế bào của chuột. Ngoài ra, sơ đồ "cây phát sinh chủng loại" (mô tả lịch sử tiến hóa của một nhóm các loài với những đặc tính khác nhau nhưng có cùng mối quan hệ họ hàng với nhau) cũng cho thấy biến thể Omicron và Gamma có khả năng đã lưu hành từ giữa năm 2020. Điều này ủng hộ giả thuyết rằng Omicron có thể đã tiến hóa ở một loài động vật, và có thể đó là chuột.
Giáo sư Xu cho rằng phát hiện trên cho thấy các nhà nghiên cứu nên tập trung vào các biến thể của virus SARS-CoV-2 được phân lập từ động vật hoang dã, đặc biệt là loài gặm nhấm. Theo ông, nếu Omicron được xác định có nguồn gốc từ chuột, hệ lụy của việc biến thể này lây lan giữa những vật chủ không phải con người sẽ đặt ra những thách thức mới trong việc phòng ngừa và kiểm soát đại dịch.
