Theo hồ sơ vụ án, ngày 19/1/2021, công tác kiểm tra thuế tại Công ty Hùng Thịnh, Chi cục Thuế thành phố Long Xuyên (Cục Thuế tỉnh An Giang), đã phát hiện Công ty Hùng Thịnh (có địa chỉ tại thành phố Long Xuyên, tỉnh An Giang) sử dụng 9 hóa đơn bất hợp pháp của Công ty Hoàng Phát (địa chỉ: Quận 12, TP Hồ Chí Minh) do Lê Văn Trường, làm Giám đốc, với tổng doanh thu chưa thuế hơn 12,5 tỷ đồng, số tiền trốn thuế và gian lận tiền Thuế giá trị gia tăng, Thuế thu nhập doanh nghiệp là hơn 3,7 tỷ đồng. Hồ sơ, kiến nghị khởi tố vụ án đã được chuyển đến Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an thành phố Long Xuyên (tỉnh An Giang) để điều tra, xác minh làm rõ.
Sau khi tiếp nhận, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an thành phố Long Xuyên đã tiến hành điều tra, xác minh. Ngày 26/4/2023, Lê Văn Trường đã đến Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an thành phố Long Xuyên đầu thú và khai nhận: đầu năm 2018, một người đàn ông tên Hùng (không rõ họ, địa chỉ) đã nhờ Trường đứng tên làm Giám đốc cho Công ty Hoàng Phát, với số tiền 12 triệu đồng/tháng, Trường đồng ý.
Trong thời gian này, Hùng giới thiệu cho Trường quen biết Nguyễn Thành Luân, Giám đốc Công ty Hùng Thịnh. Theo yêu cầu của Hùng, Trường đã ký tên xuất khống 27 hóa đơn giá trị gia tăng của Công ty Hoàng Phát cho Công ty Hùng Thịnh đã có ghi nội dung nhưng thực tế không có diễn ra mua bán hàng hóa, dịch vụ thể hiện trên hóa đơn.
