Đánh giá việc quản lý vận hành, thu phí đã được các doanh nghiệp thực hiện cơ bản ổn định, việc triển khai đồng bộ thu phí không dừng (ETC) đã được sự đồng thuận cao, giảm thiểu ùn tắc giao thông, tạo điều kiện thuận lợi cho người dân, tuy nhiên, phía Bộ Giao thông Vận tải thừa nhận, vẫn còn xảy ra một số tồn tại như chưa tuân thủ đầy đủ chế độ báo cáo về lưu lượng và doanh thu theo nội dung quy định trong hợp đồng dự án; miễn, giảm phí chưa đúng đối tượng.
Để chấn chỉnh những tồn tại này, Bộ Giao thông Vận tải yêu cầu các doanh nghiệp chấp hành nghiêm túc các quy định của Nhà nước và của hợp đồng dự án đối với việc quản lý thu, quản lý chi trong giai đoạn kinh doanh, khai thác và chuyển giao công trình dự án; xây dựng các giải pháp tăng cường quản lý nội bộ, kiểm tra, xử lý vi phạm, xử lý sự cố, không xảy ra tiêu cực trong quá trình thu phí.
Các doanh nghiệp phải tăng cường tự kiểm tra, giám sát nội bộ để kịp thời phát hiện và xử lý nghiêm các trường hợp vi phạm quy định trong thu tiền phí; thực hiện, tuân thủ nghiêm túc trách nhiệm, nghĩa vụ của doanh nghiệp được quy định tại hợp đồng dự án và các quy định pháp luật liên quan.
Bộ Giao thông Vận tải giao Cục Đường bộ Việt Nam thực hiện nghiêm, đầy đủ trách nhiệm, nghĩa vụ của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền trong giai đoạn kinh doanh, khai thác và chuyển giao công trình dự án cũng như chức năng quản lý Nhà nước về hoạt động trạm thu phí trên hệ thống quốc lộ, đường cao tốc.
Cục Đường bộ Việt Nam chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện, thanh tra, kiểm tra việc hoạt động của trạm thu phí theo quy định của pháp luật, quy định tại hợp đồng dự án; quyết định theo thẩm quyền đối với việc tạm dừng thu, dừng thu khi phát hiện doanh nghiệp vi phạm quy định của hợp đồng dự án và quy định của pháp luật Nhà nước.
