Trong đó, các luật sư bào chữa cho nhóm 2 bị cáo thuộc Bộ Công Thương đã phân tích nhiều luận cứ nhằm chứng minh vai trò của bị cáo trong vụ án mờ nhạt, không đáng kể. Từ đó, các luật sư đề nghị Hội đồng xét xử, đại diện Viện Kiểm sát cân nhắc tính chất, mức độ hành vi của bị cáo, xem xét lại tội danh cho 2 bị cáo.
Trình bày luận cứ bào chữa cho bị cáo Vũ Huy Hoàng, luật sư Nguyễn Huy Thiệp cho rằng, vào thời điểm ký Hợp đồng hợp tác đầu tư số 01 để thành lập Sabeco Pearl thì Sabeco vẫn chưa được cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất đối với khu đất 2-4-6 Hai Bà Trưng (phường Bến Nghé, Quận 1, Thành phố Hồ Chí Minh). Hơn nữa, theo luật sư Thiệp, tại Hợp đồng nguyên tắc và Hợp đồng hợp tác đầu tư giữa Sabeco và nhóm các nhà đầu tư không có điều khoản nào thể hiện Sabeco góp vốn bằng quyền sử dụng đất.
Phân tích về quá trình chuyển hóa “biến” khu đất 2-4-6 Hai Bà Trưng từ đất “công” sang đất “tư” và trách nhiệm của UBND Thành phố Hồ Chí Minh trong vụ án, theo luật sư Nguyễn Hữu Thiệp, quá trình chuyển hóa này chỉ được bắt đầu từ việc Sabeco tiến hành ký Hợp đồng hợp tác đầu tư số 01, rồi sau đó Sabeco gửi văn bản đến UBND Thành phố Hồ Chí Minh đề nghị cho Sabeco Pearl thực hiện nghĩa vụ tài chính và được chấp thuận là chủ đầu tư dự án. Kết thúc của quá trình là việc UBND Thành phố Hồ Chí Minh ra quyết định cho Sabeco Pearl thuê đất và cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho Sabeco Pearl. Luật sư Thiệp cho rằng, trong suốt quá trình trên, bị cáo Vũ Huy Hoàng không được biết, không chỉ đạo cho Sabeco thực hiện như vậy. Do đó, không thể xác định bị cáo Vũ Huy Hoàng cố ý khi để xảy ra tình trạng này.
Đối với việc Sabeco thoái vốn khỏi Sabeco Pearl, luật sư Thiệp cho rằng, khi nhóm các nhà đầu tư xin phép điều chỉnh công năng dự án có thêm chức năng căn hộ, tổng mức đầu tư cũng tăng theo vì tiền sử dụng đất cho dự án dự kiến tăng thêm 200 tỷ đồng, buộc Sabeco Pearl phải tăng vốn điều lệ. Điều này đã khiến Sabeco gặp khó để giữ được 26% vốn điều lệ, do đó việc thoái vốn của Sabeco tại Sabeco Pearl là tất yếu.
Sau khi trình bày các luận điểm bào chữa, luật sư Nguyễn Huy Thiệp đề nghị Hội đồng xét xử xác định mức độ sai phạm của bị cáo Vũ Huy Hoàng và xem xét lại tội danh cho bị cáo Hoàng.
Đồng tình với quan điểm bào chữa của luật sư, bị cáo Vũ Huy Hoàng cho rằng, dự án đầu tư của Sabeco tại khu đất 2-4-6 Hai Bà Trưng có mục tiêu xuyên suốt, quan trọng nhất là xây dựng trụ sở văn phòng làm việc của Tổng Công ty Sabeco. Theo bị cáo, việc làm này để tương xứng với vị thế của một đơn vị có đóng góp lớn. Mặt khác, tại thời điểm đó, Sabeco bị cạnh tranh rất khốc liệt, vì vậy Sabeco không phải xây dựng trụ sở chỉ để làm việc mà còn để khẳng định uy tín và vị thế của mình. Đây cũng là mong muốn của Thành phố Hồ Chí Minh về một công trình to đẹp ở mặt tiền con đường lớn.
Thực hiện phần bào chữa cho bị cáo Phan Chí Dũng (nguyên Vụ trưởng Vụ Công nghiệp nhẹ, Bộ Công Thương), luật sư Bùi Minh Tiến phân tích về bối cảnh khách quan tác động đến bị cáo Dũng. Theo luật sư, bị cáo Dũng đã nhận thức rằng việc đầu tư vào dự án là đầu tư xây dựng trụ sở làm việc cho Sabeco chứ không phải đầu tư ngoài ngành, ngoài lĩnh vực kinh doanh chính. Phần kinh doanh ngoài ngành là do các chủ đầu tư bên ngoài đầu tư.
Luật sư Tiến cho rằng, trong vụ án này, hậu quả đã được ngăn chặn kịp thời. Ngay từ khi khởi tố vụ án hình sự, cơ quan điều tra đã đề nghị UBND Thành phố Hồ Chí Minh tiến hành tạm dừng mọi giao dịch, chuyển nhượng đối với khu đất. Từ các dẫn chứng trên, luật sư đề nghị Hội đồng xét xử xem xét lại về tội danh của bị cáo Phan Chí Dũng khi vai trò của bị cáo trong vụ án mờ nhạt, không đáng kể.
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát, trong quá trình thực hiện quyền, trách nhiệm của cơ quan đại diện chủ sở hữu đối với Sabeco, Vũ Huy Hoàng, (nguyên Thứ trưởng Bộ Công Thương) và Phan Chí Dũng đã có ý kiến chỉ đạo đối với Hồ Thị Kim Thoacác cán bộ cấp dưới thuộc Bộ Công Thương và Sabeco trong quá trình Sabeco thực hiện các thủ tục góp vốn bằng quyền sử dụng khu đất 2-4-6 Hai Bà Trưng và tiền của Sabeco để thành lập Công ty liên doanh Sabeco Pearl cùng với các doanh nghiệp tư nhân để đầu tư thực hiện Dự án kinh doanh bất động sản tại khu đất 2-4-6 Hai Bà Trưng.
Sau khi Sabeco Pearl được UBND Thành phố Hồ Chí Minh công nhận chủ đầu tư, cho thuê đất và chấp thuận bổ sung chức năng officetel và căn hộ ở cho Dự án, Vũ Huy Hoàng, Hồ Thị Kim Thoa và Phan Chí Dũng đã chỉ đạo Sabeco thoái toàn bộ vốn góp (chuyển nhượng vốn) của Sabeco trong dự án này cho doanh nghiệp tư nhân tham gia liên doanh. Từ đó, hoàn tất việc chuyển quyền quản lý, sử dụng khu đất 6.080m2 tại số 2-4-6 Hai Bà Trưng có giá trị hơn 3.816 tỷ đồng là tài sản Nhà nước sang tài sản tư nhân trái pháp luật; gây thiệt hại, thất thoát đặc biệt lớn cho Nhà nước.
