Vai trò tiếp theo là của bị cáo Trịnh Xuân Thanh (nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị, Tổng Giám đốc Tổng Công ty Cổ phần xây lắp Dầu khí Việt Nam - PVC), Vũ Thanh Hà (nguyên Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần Hóa dầu và Nhiên liệu sinh học Dầu khí - PVB) và các bị cáo khác.
Theo bản án sơ thẩm, hành vi sai phạm của của các bị cáo khiến Dự án Ethanol Phú Thọ đã triển khai nhưng phải dừng hoạt động, đến nay chưa có hạng mục nào hoàn thành. Các bị cáo là những người có chức vụ quyền hạn trong doanh nghiệp có vốn nhà nước nhưng đã thực hiện các hành vi nguy hiểm cho xã hội, gây thiệt hại đặc biệt nghiêm trọng nhưng chưa được khắc phục.
Trong quá trình diễn ra phiên tòa, mặc dù các bị cáo thừa nhận hành vi đã thực hiện nhưng cho rằng những hành vi đó không vi phạm pháp luật. Tuy nhiên, Hội đồng xét xử cho rằng có đủ căn cứ xác định việc các bị cáo chỉ định thầu cho liên danh của PVC khi liên danh này không đủ năng lực là nguyên nhân chính dẫn đến dự án bị tạm dừng. PVN là tập đoàn kinh tế lớn của Nhà nước, không trực tiếp làm chủ đầu tư mà giao cho các công ty con của tập đoàn thành lập các công ty khác để làm chủ đầu tư dự án. Tuy biết PVC chưa từng thực hiện dự án nào về ethanol và tình hình tài chính đang khó khăn, song bị cáo Đinh La Thăng với vai trò Chủ tịch PVN, Trưởng Ban chỉ đạo triển khai các dự án nhiên liệu sinh học, đã chủ trì nhiều cuộc họp, "quyết liệt" định hướng giao thầu cho PVC. Hành vi vi phạm của bị cáo Đinh La Thăng, Trịnh Xuân Thanh và các bị cáo khác trong vụ án đã gây thiệt hại cho PVB hơn 543 tỷ đồng.
Bản án sơ thẩm nhấn mạnh, sai phạm của các bị cáo trong việc lựa chọn nhà thầu không đủ năng lực là nguyên nhân chính khiến dự án bị dừng. Chủ đầu tư (PVB) đã sử dụng một số tiền lớn (hơn 1.467 tỷ đồng) để đầu tư vào dự án, gồm vay của Ngân hàng Thương mại Cổ phần Đông Nam Á (SeAbank) và Công ty Tài chính Dầu khí (PVFC, nay là PVCombank) với tổng số tiền là hơn 754 tỷ đồng. Từ ngày dự án dừng thi công (ngày 27/3/2013) đến ngày 25/7/2014, PVB đã trả lãi vay là gần 126 tỷ đồng. Số tiền lãi PVB còn phải trả cho ngân hàng từ ngày 26/7/2014 đến ngày khởi tố vụ án (ngày 11/6/2018) là hơn 417 tỷ đồng. Tổng số tiền lãi mà PVB phải trả cho các ngân hàng là hơn 543 tỷ đồng. Tại phiên tòa, đại diện SeAbank và PVCombank đều khẳng định, hai đơn vị này không miễn giảm nợ gốc và lãi cho PVB.
Dự án bị tạm dừng thi công kéo dài kể từ ngày 27/3/2013 (tính đến thời điểm xét xử vụ án là gần 8 năm), chưa có hạng mục nào hoàn thành để đi vào hoạt động. Do dự án bị chậm tiến độ, không đi vào hoạt động sản xuất - kinh doanh nên chủ đầu tư phải chịu chi phí tiền lãi phát sinh cho thời gian dừng thi công, bị chậm tiến độ không có doanh thu mà phải sử dụng vốn của PVB để chi trả, đây là thiệt hại thực tế. Ngoài ra, dự án bị tạm dừng thi công kéo dài cũng gây ra những thất thoát lãng phí lớn về nguồn lực xã hội (nhà xưởng, máy móc, thiết bị hao mòn theo thời gian, chi phí bảo quản, bảo dưỡng thiết bị…).
Trên cơ sở đó, Hội đồng xét xử đã căn cứ vào Kết luận giám định của Bộ Tài chính xác định thiệt hại theo Điều 4, khoản 5, điểm c - Thông tư liên tịch số 01/2017/TTLT-VKSNDTC-TANDTC-BCA-BTP ngày 13/12/2017 của Viện Kiểm sát nhân dân tối cao, Tòa án nhân dân tối cao, Bộ Công an, Bộ Tư pháp quy định về những trường hợp cần thiết phải trưng cầu giám định tư pháp trong giải quyết vụ án, vụ việc về tham nhũng, kinh tế. Qua đó, tổng thiệt hại của vụ án được xác định là toàn bộ số tiền lãi suất phát sinh mà PVB đã trả và số còn có nghĩa vụ trả cho ngân hàng từ khi dự án dừng thi công đến ngày khởi tố vụ án - hơn 543 tỷ đồng.
Trong việc mua bán 3.400 m2 đất ở Tam Đảo (tỉnh Vĩnh Phúc), bản án sơ thẩm xác định, bị cáo Trịnh Xuân Thanh và Đỗ Văn Hồng đã câu kết tạm ứng 25 tỷ đồng của PVC trái quy định. Bị cáo Trịnh Xuân Thanh đóng vai trò chính, chủ mưu, gây thiệt hại hơn 13 tỷ đồng cho PVC. Bị cáo Đỗ Văn Hồng là người giúp sức cho bị cáo Thanh thực hiện hành vi này. Do đó, Hội đồng xét xử đã tuyên buộc giao lại quyền sử dụng 3.400 m2 đất ở Tam Đảo cho PVC.
