4 bị cáo trong vụ án này gồm: Nguyễn Ngọc Sự (nguyên Chủ tịch Hội đồng thành viên Vinashin), Trần Đức Chính (nguyên Kế toán trưởng kiêm Trưởng ban Tài chính Vinashin), Trương Văn Tuyến (nguyên Tổng Giám đốc Vinashin), Phạm Thanh Sơn (nguyên Phó Tổng Giám đốc Vinashin).
Tại phiên phúc thẩm, Hội đồng xét xử chấp nhận kháng nghị của Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội về việc tăng mức hình phạt với bị cáo Nguyễn Ngọc Sự; từ đó tuyên phạt bị cáo Nguyễn Ngọc Sự 16 năm tù (tăng 3 năm so với án sơ thẩm).
Tòa phúc thẩm chấp nhận kháng cáo của các bị cáo Trương Văn Tuyến và Trần Đức Chính về việc xin giảm nhẹ hình phạt; tuyên phạt bị cáo Trương Văn Tuyến 6 năm tù (giảm 1 năm so với bản án sơ thẩm), Trần Đức Chính 15 năm tù (giảm 2 năm so với bản án sơ thẩm).
Tòa phúc thẩm không chấp nhận kháng cáo xin giảm nhẹ hình phạt của bị cáo Phạm Thanh Sơn, giữ nguyên bản án 6 năm tù đối với bị cáo Phạm Thanh Sơn. Cả 4 bị cáo bị tuyên án về tội Lạm dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Hội đồng phúc thẩm nhận định, Tòa án cấp sơ thẩm đã xác định cả 4 bị cáo đều thống nhất ý chí về việc chuyển số tiền được Chính phủ cấp để tái cơ cấu Vinashin từ tài khoản thanh toán sang tài khoản có kỳ hạn tại Ngân hàng Đại Dương (OceanBank) để được hưởng lãi cao và khoản tiền chi ngoài lãi để ngoài sổ sách của Vinashin phục vụ cho việc chi tiêu trái pháp luật và chiếm hưởng cá nhân là hoàn toàn chính xác.
Tại thời điểm phạm tội, bị cáo Nguyễn Ngọc Sự là Chủ tịch Hội đồng thành viên của Vinashin, là người đưa ra chủ trương và thống nhất với các bị cáo khác thực hiện hành vi phạm tội. Bị cáo Sự trực tiếp ký 12 hợp đồng giao dịch tiền gửi, chỉ đạo bị cáo Tuyến ủy quyền cho bị cáo Chính ký hợp đồng, giao dịch tiền gửi, giao cho Chính tiếp nhận toàn bộ số tiền chi ngoài lãi từ Ngân hàng và để ngoài sổ sách kế toán của tập đoàn, nhận chiếm hưởng cá nhân 8 tỷ đồng và quyết định các khoản chi tiêu chung khác không đúng quy định.
Từ đó, Tòa phúc thẩm nhận định, bị cáo Nguyễn Ngọc Sự phải là người giữ vai trò chính trong vụ án và phải chịu trách nhiệm cao nhất đối với toàn bộ thiệt hại xảy ra, kể cả các khoản tiền bị cáo Trần Đức Chính khai đưa cho các bị cáo khác nhưng không thừa nhận. Do đó, Tòa phúc thẩm kết luận, có căn cứ chấp nhận kháng nghị của Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội về việc tăng hình phạt đối với bị cáo.
Bên cạnh đó, quá trình điều tra vụ án, cả 2 bị cáo Sự và Chính đều nhận tội nhưng lời khai của bị cáo Sự trước sau không thống nhất, chưa nhận thấy trách nhiệm của người đứng đầu doanh nghiệp, có biểu hiện né tránh, đổ lỗi cho bị cáo Tuyến là người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp có đề xuất chủ trương thực hiện hành vi phạm tội hoặc chỉ nhận chủ trương gửi tiền để nâng cao hiệu quả sử dụng vốn.
Qua đó chứng tỏ, bị cáo Sự chưa tỏ ra ăn năn hối cải, nên có căn cứ chấp nhận kháng nghị của Viện kiểm sát về hình phạt. "Theo đó phải xử phạt bị cáo Sự mức án nghiêm khắc và cao hơn bị cáo Chính mới thỏa đáng" - Hội đồng xét xử nhấn mạnh.
Về trách nhiệm dân sự, Tòa phúc thẩm chấp nhận kháng nghị của Viện trưởng Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội về phần trách nhiệm dân sự liên đới và xử lý vật chứng, biện pháp bảo đảm thi hành án; không chấp nhận kháng cáo giảm bồi thường của các bị cáo Trương Văn Tuyến, Phạm Thanh Sơn và kháng cáo hủy bỏ lệnh kê biên tài sản của bị cáo Sơn.
Do đó, Tòa tuyên tiếp tục tạm giữ số tiền hơn 14 tỷ đồng đã thu giữ của các bị cáo; trong đó bị cáo Sự hơn 8 tỷ đồng, bị cáo Tuyến 3,5 tỷ đồng, bị cáo Chính và bị cáo Sơn mỗi bị cáo 1,2 tỷ đồng hiện tạm giữ tại Cục thi hành án thành phố Hà Nội.
Tòa phúc thẩm buộc bị cáo Trần Đức Chính phải truy nộp tiếp số tiền 8,8 tỷ đồng để sung quỹ Nhà nước; buộc bị cáo Nguyễn Ngọc Sự, Trần Đức Chính, Trương Văn Tuyến và Phạm Thanh Sơn phải liên đới truy nộp số tiền hơn 82 tỷ đồng để sung quỹ Nhà nước.
Trong đó, bị cáo Sự phải truy nộp tiếp 36,8 tỷ đồng; bị cáo Sự đã nộp 385 triệu đồng, còn phải nộp tiếp 36,5 tỷ đồng. Bị cáo Trần Đức Chính phải liên đới truy nộp số tiền 27 tỷ đồng; bị cáo Trương Văn Tuyến 10 tỷ đồng; bị cáo Phạm Thanh Sơn 9 tỷ đồng.
