Sau đó, Công ty Cổ phần thực phẩm công nghệ Sài Gòn ký hợp đồng bán khống sang hai công ty tại Campuchia để làm thủ tục xuất khẩu nhưng hàng hóa thực xuất là mặt hàng rẻ tiền hoặc không có giá trị kinh tế. Từ đó, phía Công ty của Lê Dũng làm thủ tục xin hoàn thuế giá trị gia tăng, chiếm đoạt hơn 80 tỷ đồng của Nhà nước. Còn các bị cáo nguyên cán bộ Hải quan cửa khẩu Khánh Bình, tỉnh An Giang, đã xác nhận hồ sơ xuất khẩu khống hàng hóa là thuốc lá cho Công ty cổ phần thực phẩm công nghệ Sài Gòn.
Hội đồng xét xử sơ thẩm đã tuyên phạt mức án chung thân đối với các bị cáo Lê Dũng, Trần Thị Bích Tuyền, Hứa Châu về các tội “Buôn lậu”, “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”, “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”. Sau đó, ba bị cáo này đều kháng cáo. Ngoài ra, các bị cáo nguyên là cán bộ Hải quan An Giang bị tuyên phạt mức án từ 3 năm tù treo đến 12 năm tù về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”. 23 bị cáo nguyên là cán bộ Hải quan An Giang đã kháng cáo.
Tại phiên tòa phúc thẩm diễn ra ngày 26/6, sau phần thẩm tra lý lịch tại phiên tòa, luật sư bảo vệ quyền lợi cho bị cáo Hứa Châu đã đề nghị hoãn phiên tòa, do cần chờ kết quả điều tra của Viện kiểm sát nhân dân tối cao về những dấu hiệu vi phạm tố tụng của cơ quan điều tra được chỉ ra ở phiên tòa sơ thẩm (như có khoảng hơn 200 biên bản lấy lời khai có dấu hiệu vi phạm tố tụng; bị cáo tố điều tra viên mớm cung...). Tuy nhiên, đại diện Viện Kiểm sát không đồng tình với yêu cầu hoãn phiên tòa. Sau khi hội ý, Hội đồng xét xử phúc thẩm ra quyết định tiếp tục xét xử.
Cũng liên quan đến vụ án này, theo Cục Hải quan tỉnh An Giang, Cơ quan điều tra và Viện Kiểm sát Nhân dân TP Hồ Chí Minh dựa vào tình tiết 92 tờ khai hải quan mặt hàng thuốc lá của Công ty cổ phần thực phẩm công nghệ Sài Gòn làm thủ tục xuất khẩu qua Chi cục Hải quan cửa khẩu Khánh Bình để cáo buộc tội danh “Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong thi hành công vụ, gây hậu quả nghiêm trọng” là không hợp lý.
Cục Hải quan tỉnh An Giang cho rằng 92 tờ khai mặt hàng thuốc lá của Công ty cổ phần thực phẩm công nghệ Sài Gòn làm thủ tục xuất khẩu qua Chi cục Hải quan cửa khẩu Khánh Bình chưa được Cục thuế Thành phố Hồ Chí Minh hoàn thuế, vì vậy thiệt hại cụ thể chưa xảy ra. Hành vi gây thiệt hại cụ thể chưa xảy ra đồng nghĩa với hậu quả của tội phạm chưa hoàn thành.
Theo công văn ngày 25/10/2016 trả lời Hội đồng xét xử Tòa án nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh của Cục thuế Thành phố Hồ Chí Minh, Cục thuế đã hoàn số tiền thuế giá trị gia tăng là 2,222 tỷ đồng cho Công ty Cổ phần thực phẩm công nghệ Sài Gòn trong kỳ hoàn thuế từ tháng 9/2012 đến tháng 11/2012. Cục thuế Thành phố Hồ Chí Minh khẳng định, việc xác định số thuế được hoàn không căn cứ vào tờ khai hải quan xuất khẩu.
Phiên tòa dự kiến xét xử trong 10 ngày.
