Ngoài các mức hình phạt tù, Hội đồng xét xử cũng đã đưa ra nhiều phán quyết về trách nhiệm dân sự của các bị cáo trong vụ án.
Cụ thể, Hội đồng xét xử quyết định thu hồi sung quỹ Nhà nước đối với 11 nhà, đất trên địa bàn thành phố Đà Nẵng, gồm các nhà, đất tại: 22 Cô Giang, 45 Nguyễn Thái Học, 20 Bạch Đằng, 34 Hoàng Văn Thụ, 7 Bạch Đằng, 100 Bạch Đằng, 47 Nguyễn Thái Học, 2 Hải Phòng, 37 Pasteur, 39 Pasteur, 73 Nguyễn Thái Học cùng 2 thửa đất mang tên bị cáo Phan Văn Anh Vũ tại Khu đô thị Habour Ville, phường Nại Hiên Đông, quận Sơn Trà, thành phố Đà Nẵng.
Để đảm bảo quyền lợi cho công dân tại 3 dự án: Khu đất 29 ha thuộc Dự án Khu đô thị mới Quốc tế Đa Phước (quận Thanh Khê và quận Hải Châu), Dự án Khu dân cư An Cư 2 mở rộng và An Cư 3 mở rộng (quận Sơn Trà) và Dự án Khu nhà ở Phú Gia Compound (quận Thanh Khê), Hội đồng xét xử yêu cầu UBND thành phố Đà Nẵng và các bên liên quan thực hiện các thủ tục pháp lý theo quy định của pháp luật.
Đối với Dự án Khu du lịch biển Non Nước (quận Ngũ Hành Sơn), Hội đồng xét xử quyết định thu hồi và giao cho UBND thành phố Đà Nẵng.
Bản án sơ thẩm cũng nêu rõ, các bị cáo Phan Văn Anh Vũ (nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty cổ phần Xây dựng 79, Công ty cổ phần Bắc Nam 79), Trần Văn Minh (nguyên Chủ tịch UBND thành phố Đà Nẵng), Văn Hữu Chiến (nguyên Chủ tịch UBND thành phố Đà Nẵng), Nguyễn Ngọc Tuấn (nguyên Phó Chủ tịch UBND thành phố Đà Nẵng), Phan Xuân Ít (nguyên Phó Chánh Văn phòng UBND thành phố Đà Nẵng), Nguyễn Viết Vĩnh (nguyên chuyên viên, nguyên Trưởng phòng Quản lý đô thị thuộc Văn phòng UBND thành phố Đà Nẵng, nguyên Giám đốc Cảng vụ đường thủy nội địa, Sở Giao thông Vận tải thành phố Đà Nẵng), Nguyễn Thanh Sang (nguyên Phó Giám đốc Sở Tài chính thành phố Đà Nẵng), Nguyễn Thị Thu Hà (nguyên Phó Giám đốc Sở Tài chính thành phố Đà Nẵng), Nguyễn Đình Thống (nguyên Giám đốc Công ty Quản lý và khai thác đất Đà Nẵng), Nguyễn Công Lang (nguyên Giám đốc Công ty Quản lý nhà Đà Nẵng), Trần Phi (nguyên Tổng Giám đốc Công ty cổ phần xuất nhập khẩu Đà Nẵng) và Phan Minh Cương (nguyên Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn I.V.C, Tổng Giám đốc Công ty cổ phần Xây dựng 79) phải liên đới bồi thường cho UBND thành phố Đà Nẵng để sung công quỹ Nhà nước tổng số tiền hơn 4.195 tỷ đồng.
Hội đồng xét xử cũng dành quyền khởi kiện cho các cá nhân, tổ chức liên quan đến các dự án, nhà, đất công sản bị thu hồi bằng vụ kiện dân sự khác khi có yêu cầu.
Về 39 tài sản nhà, đất đứng tên bị cáo Phan Văn Anh Vũ cùng vợ, người thân và các công ty của bị cáo Vũ, Hội đồng xét xử quyết định tiếp tục duy trì lệnh kê biên để đảm bảo thi hành án. Đồng thời, hủy bỏ lệnh kê biên đối với 3 thửa đất tại Khu dân cư An Cư 3 mở rộng và Khu tái định cư An Cư 3 mở rộng (quận Sơn Trà) đứng tên bị cáo Nguyễn Quang Thành.
Về xử lý vật chứng, Hội đồng xét xử quyết định trả lại cho: bị cáo Đào Tấn Bằng (nguyên Phó Chánh Văn phòng UBND thành phố Đà Nẵng) số tiền 350 triệu đồng; bà Trần Thị Phương Thảo số tiền 2 tỷ đồng (nộp thay bị cáo Đào Tấn Bằng); bà Nguyễn Thị Hường Em số tiền 1 tỷ đồng (nộp thay bị cáo Nguyễn Điểu - nguyên Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường thành phố Đà Nẵng); bị cáo Lê Cảnh Dương (nguyên Giám đốc Ban Xúc tiến và Hỗ trợ đầu tư thành phố Đà Nẵng) và vợ là bà Nguyễn Thị Thu Hiền 2 Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất tại quận Hải Châu, thành phố Đà Nẵng.
