Vụ tai nạn xảy ra vào lúc 16 giờ 44 phút ngày 6/9 tại km 119+200 thuộc khu gian Cầu Yên - Ninh Bình thuộc địa bàn phường Nam Hoa Lư, tỉnh Ninh Bình. Nhiều người dân chứng kiến vụ tai nạn cho biết vào thời điểm kể trên, khi hệ thống cảnh báo tự động và chuông cảnh báo phát tín hiệu, bất ngờ có một người đàn ông cố tình vượt qua đường sắt đúng thời điểm đoàn tàu chạy qua.
Theo tường trình của lái tàu Cao Ngọc Hiền thuộc Xí nghiệp đầu máy Hà Nội, người điều khiển tầu SE6 - đầu máy 930, mặc dù đã xử lý hãm khẩn cấp để dừng tàu nhưng do cự ly quá gần nên đã va vào nạn nhân.
Hậu quả vụ tai nạn khiến nạn nhân Đinh Văn T, sinh năm 1968, trú tại xã Yên Khánh, tỉnh Ninh Bình tử vong tại chỗ. Phương tiện là xe mô tô mang biển kiểm soát 35F3-61xx bị văng xa hơn chục mét, xe mô tô bị hư hỏng nặng.
Sau khi vụ tai nạn xảy ra, lái tàu và nhân viên đường sắt đã phối hợp với lực lượng chức năng giải quyết và tiếp tục cho đoàn tàu khởi hành.
Các đơn vị chức năng tỉnh Ninh Bình tiếp tục điều tra, làm rõ nguyên nhân vụ tai nạn.
