Người phát ngôn của JAL cho biết dù một trong số phi công đã phát hiện “một vật thể” ngay trước vụ va chạm nhưng đã không trao đổi trực tiếp với cơ trưởng của chiếc máy bay thuộc Lực lượng Bảo vệ Bờ biển. Các phi công nói rằng đã cảm thấy có lực tác động trong vài giây khi máy bay chạm xuống mặt đất. Ban đầu, các phi công trong buồng lái của máy bay không biết về việc máy bay bị cháy cho đến khi được tiếp viên trưởng thông báo và yêu cầu mở cửa thoát hiểm.
Hai ngày sau vụ va chạm giữa máy bay nói trên, một số chuyến bay nội địa lẽ ra đến sân bay Haneda ở thủ đô Tokyo ngày 4/1 đã bị hủy hoặc hoãn.
Theo công ty quản lý sân bay Hokkaido Airports, khoảng 200 hành khách mắc kẹt trong đêm tại sân bay New Chitose ở tỉnh Hokkaido, sau khi một nhóm khác gồm 256 hành khách mắc kẹt từ tối 2/1 đến sáng 3/1 do các chuyến bay bị hủy sau vụ va chạm hy hữu. Kể từ tối 2/1, công ty Hokkaido Airports hỗ trợ cho các hành khách như phân phát túi ngủ, chăn, đệm.
Sân bay New Chitose có nhiều chuyến bay bị hủy, đặc biệt các chuyến đến sân bay Haneda gồm 45 chuyến ngày 2/1 và 28 chuyến ngày 3/1. Ngày 4/1, có 18 chuyến bay từ sân bay New Chitose đến Haneda và một số sân bay khác dự kiến bị hủy. Vụ va chạm cũng khiến nhiều chuyến bay từ Haneda đến New Chitose bị hoãn. Thậm chí, một số chuyến bị hoãn đến 3h ngày 4/1. Sân bay New Chitose, phục vụ khoảng 400 chuyến bay, trong đó khoảng 100 chuyến bay đến sân bay Haneda.
Hiện sân bay Haneda vẫn đóng cửa đường băng, nơi xảy ra vụ va chạm vào ngày làm việc đầu Năm mới. Ngay sau vụ va chạm, các hãng JAL và All Nippon Airways cũng hủy một số chuyến bay nội địa.
Cảnh sát Nhật Bản cho biết toàn bộ 379 hành khách và phi hành đoàn trên máy bay Airbus A350 mang số hiệu JL516 của JAL đã được sơ tán an toàn, không ai bị thương nguy hiểm đến tính mạng sau khi máy bay này bốc cháy. Trong tuyên bố chiều 3/1, giới chức hãng hàng không lớn thứ hai Nhật Bản khẳng định chính việc tuân thủ nghiêm ngặt các quy trình khẩn cấp đã giúp cứu sống toàn bộ hành khách. Tuy nhiên, 5 trong số 6 thành viên phi hành đoàn trên máy bay của Lực lượng Bảo vệ Bờ biển Nhật Bản đã thiệt mạng. Cơ trưởng đã thoát khỏi máy bay và bị thương nặng.
