Theo kết luận của Viện Pháp y Quốc gia, Nguyễn Việt Anh có quan hệ huyết thống bố - con với thai nhi có mẫu nước ối đã lấy trước đó của nữ sinh H.T.H (14 tuổi, học sinh lớp 8 Trường Trung học Cơ sở số 2 ở xã Thượng Hà) gửi giám định; độ tin cậy đạt 99,9999%.
Liên quan đến vụ việc này, ngày 25/4, Công an huyện Bảo Yên đã ra quyết định khởi tố vụ án hình sự, khởi tố bị can và lệnh bắt tạm giam bốn tháng đối với Nguyễn Việt Anh (giáo viên Trường Trung học Cơ sở số 2 ở xã Thượng Hà) để điều tra về hành vi giao cấu với người từ đủ 13 tuổi đến dưới 16 tuổi theo khoản 2 Điều 145 Bộ luật Hình sự năm 2015. Trước đó, ngày 23/4, Chủ tịch UBND huyện Bảo Yên đã có quyết định tạm đình chỉ công tác đối với Nguyễn Việt Anh và Công an huyện đã thực hiện tạm giữ đối tượng. Cũng trong đêm 23/4, Công an huyện Bảo Yên và cán bộ y tế Bệnh viện Đa khoa huyện Bảo Yên đã đưa cháu H.T.H (14 tuổi, học sinh lớp 8 thuộc Trường Trung học Cơ sở số 2 ở xã Thượng Hà) về Hà Nội để giám định ADN của thai nhi.
Như TTXVN đã đưa tin, tối 22/4, UBND huyện Bảo Yên nhận được báo cáo của UBND xã Thượng Hà về việc một gia đình có đơn tố cáo Nguyễn Việt Anh (sinh năm 1983, giáo viên Trường Trung học Cơ sở số 2 ở xã Thượng Hà) có hành vi xâm hại tình dục đối với cháu H.T.H, học sinh lớp 8 của trường, làm em này mang thai được 12 tuần. Theo lời của cháu H, Nguyễn Việt Anh đã có quan hệ với cháu từ cuối năm 2017, khi cháu đang học lớp 7. Để tiện liên lạc, Việt Anh đã cho cháu một điện thoại OPPO và một sim điện thoại mặc dù biết theo quy định của nhà trường, học sinh không được sử dụng điện thoại tại trường. Sau khi có thông tin về vụ việc, Cơ quan Công an đã mời Nguyễn Việt Anh đến làm việc. Tại Cơ quan Công an, Nguyễn Việt Anh khai nhận đã quan hệ tình dục nhiều lần với cháu H tại phòng trực bán trú của nhà trường.
