Bị cáo Võ Việt Hùng (nguyên Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn đầu tư và phát triển Đông Kinh) khai việc scan và đẩy dữ liệu như yêu cầu của gói thầu là "rất đơn giản" song không thể hoàn thành do hạ tầng của Sở Kế hoạch và Đầu tư thành phố Hà Nội không thể đáp ứng. Bị cáo Hùng giải thích "công việc" chỉ là việc sao chép dữ liệu từ điểm này sang điểm khác. "Cái khó là để đưa được lên, phải có chỗ để lưu và các số liệu của điểm đến và điểm đi phải trùng khớp. Việc không thể hoàn thành gói thầu do tài liệu Sở Kế hoạch Đầu tư Hà Nội cung cấp không đáp ứng được các điều kiện này", bị cáo Hùng nói. Khi thực hiện gói thầu, liên danh nhà thầu Nhật Cường - Đông Kinh đã gửi văn bản tới Sở nêu 32 tồn tại, khó khăn, đề nghị có giải đáp.
Tương tự, bị cáo Phạm Thị Thu Hường (nguyên Chánh Văn phòng Sở Kế hoạch và Đầu tư thành phố) cho rằng liên danh nhà thầu Nhật Cường - Đông Kinh không đáp ứng được yêu cầu hợp đồng song "không phải lỗi của họ". Việc này do nguyên nhân khách quan, hạ tầng và điều kiện đơn vị tiếp nhận. Các tài liệu cần số hóa lúc thì không trùng khớp, lúc thì hạ tầng của Bộ Kế hoạch và Đầu tư không đáp ứng được.
Trước cáo buộc gói thầu số hóa do liên danh nhà thầu này thực hiện, từng 3 lần được điều chỉnh thời hạn hoàn thành, từ 256 ngày, lên 730 ngày, tức là gấp ba lần, bị cáo Hường giải thích Sở Kế hoạch và Đầu tư thành phố làm đúng luật, mỗi lần gia hạn hồ sơ đều có văn bản gửi Bộ Kế hoạch và Đầu tư, khi được chấp thuận mới làm.
Trả lời thẩm vấn trước Tòa, bị cáo Nguyễn Văn Tứ cho biết được cựu Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội Nguyễn Đức Chung giới thiệu Công ty Nhật Cường là đối tác tin cậy, có nhiều tiềm năng và có mối quan hệ mật thiết với UBND thành phố. Tuy nhiên, sau khi Công ty Nhật Cường trúng thầu, bị cáo Tứ đã hoàn toàn thất vọng về năng lực của “đối tác tin cậy” này và không ngờ Công ty Nhật Cường lại bán thầu.
Thực tế, trong quá trình thực hiện gói thầu, chỉ có 45% tài liệu hồ sơ được đẩy lên Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp, song liên danh Nhật Cường - Đông Kinh vẫn được Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội thanh toán 100% giá trị hợp đồng, tức hơn 42 tỷ đồng.
Theo cáo buộc của Viện Kiểm sát, sau khi Sở Kế hoạch và Đầu tư ký hợp đồng với liên danh Nhật Cường - Đông Kinh, Tổng giám đốc Công ty Nhật Cường Bùi Quang Huy (đang bỏ trốn) đã chuyển nhượng 100% công việc theo nội dung hợp đồng đã ký kết cho Công ty Đông Kinh thực hiện, qua đó Công ty Nhật Cường hưởng lợi gần 20 tỷ đồng.
