Nói lời nói sau cùng, hầu hết các bị cáo đều thừa nhận hành vi vi phạm, bày tỏ sự ăn năn hối hận và xin được giảm nhẹ hình phạt.
Cựu Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Hoàng Văn Thắng cho rằng vụ án đã bộc lộ rõ nhiều sai phạm, tuy nhiên bị cáo cùng 12 bị cáo thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã rất nỗ lực trong công tác, qua đó xây dựng được các công trình tốt, tiến độ nhanh, hiệu quả lớn cho đất nước. Bị cáo Thắng cho rằng mình đã dành cả đời nỗ lực cho ngành, phấn đấu trong công việc nhưng trót phạm sai lầm trong “giây phút suy nghĩ không chín chắn". Bị cáo rất hối hận và mong được giảm nhẹ mức án để sớm trở về gia đình.
Khi nói lời sau cùng, bị cáo Nguyễn Văn Dân (Giám đốc Công ty Hoàng Dân) xin giảm án cho tất cả các bị cáo trong vụ án, đặc biệt là 3 nhân viên trong Công ty Hoàng Dân của bị cáo.
Trước đó, luật sư bào chữa cho bị cáo Nguyễn Văn Dân không tranh luận về 3 tội danh mà Viện Kiểm sát đã truy tố đối với bị cáo Dân, đồng thời thống nhất với các tình tiết giảm nhẹ mà cơ quan công tố đã đề nghị áp dụng. Tuy nhiên, luật sư cho rằng mức án Viện Kiểm sát đã đề nghị là quá nghiêm khắc. Luật sư đề nghị đại diện Viện Kiểm sát và Hội đồng xét xử xem xét điều kiện, hoàn cảnh phạm tội của bị cáo khi lượng hình.
Theo luật sư, sai phạm của bị cáo Dân xuất phát từ sức ép duy trì hoạt động doanh nghiệp xây lắp, phải tìm kiếm công trình, dự án để có việc làm. Luật sư chấp nhận kết luận giám định đối với hành vi vi phạm về kế toán của bị cáo Dân, nhưng bày tỏ băn khoăn với thiệt hại hơn 251,7 tỷ đồng được xác định ở hành vi vi phạm quy định về đấu thầu tại 5 gói thầu thuộc 4 dự án. Theo lập luận của luật sư, các gói thầu mà Công ty Hoàng Dân tham gia đều trúng với giá thấp hơn hoặc bằng dự toán được duyệt, thậm chí có gói giúp tiết kiệm ngân sách ngay từ giai đoạn đấu thầu. Do vậy, theo luật sư, không có căn cứ cho thấy các bị cáo đã cấu kết nâng khống giá thầu để chiếm đoạt tiền Nhà nước.
Tương tự, hầu hết các luật sư bào chữa khác đều trình bày về khó khăn của doanh nghiệp khi phải “dùng tiền bôi trơn” cán bộ thì công việc mới thuận lợi. Nhiều luật sư cho rằng, việc biếu tiền nhiều lúc được coi là "văn hóa cảm ơn" nên các bị cáo khó phân biệt ranh giới giữa quà cảm ơn và hành vi hối lộ.
Một số luật sư khác cho rằng, trong sai phạm gian lận thầu, việc cán bộ đưa dữ liệu dự toán hay hồ sơ mời thầu cho doanh nghiệp không phải là căn cứ quyết định Công ty Hoàng Dân có thể trúng thầu.
Đối đáp lại các quan điểm của luật sư bào chữa, đại diện Viện Kiểm sát cho rằng hành vi của các bị cáo đã tạo điều kiện cho Công ty Hoàng Dân và liên danh với Công ty Hoàng Dân trúng thầu 5 gói thầu tại 4 dự án, gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 251 tỷ đồng. Cả 5 gói thầu do Công ty Hoàng Dân tham gia đều trúng thầu do có giá thấp hơn. Trên thực tế, Công ty Hoàng Dân phải "tác động" đến người có vị trí cao nhất trong vụ án này là cựu Thứ trưởng Hoàng Văn Thắng, sau đó đến các cựu Cục trưởng, Cục phó và Giám đốc các Ban... Mặc dù các bị cáo trong vụ án khai có nhận tiền của bị cáo Dân, song không chỉ đạo cấp dưới làm trái luật, nhưng đại diện Viện Kiểm sát cho rằng khi cấp dưới tiếp nhận lời giới thiệu từ cấp trên, cấp dưới sẽ hiểu nhà thầu này đang được lãnh đạo ủng hộ, vì thế sẽ “hỗ trợ tối đa” nhà thầu đó.
Hội đồng xét xử quyết định nghị án kéo dài và sẽ tuyên án vào chiều 7/4.
