Trong đoạn đường 65 km của giai đoạn 1 dự án này, mặc dù nhiều hạng mục công trình xây dựng không đảm bảo, nhưng đã được Chủ đầu tư (VEC) và các đơn vị liên quan nghiệm thu, thanh toán số tiền hơn 811 tỷ đồng cho các đơn vị thi công dự án. Đây là hậu quả thiệt hại của vụ án. Số tiền quy kết cho các bị cáo là giá trị các hạng mục công trình không đảm bảo chất lượng xảy ra trong quá trình các bị cáo thực hiện thi công, quản lý thực hiện dự án này.
Cụ thể, đối với 2 bị cáo nguyên là Phó Tổng Giám đốc VEC Nguyễn Mạnh Hùng và Lê Quang Hào, Viện Kiểm sát đã xác định bị cáo Nguyễn Mạnh Hùng và đồng phạm chịu trách nhiệm hơn 422 tỷ đồng, bị cáo Lê Quang Hào và đồng phạm chịu trách nhiệm gần 390 tỷ đồng.
Trong dự án cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi, với tư cách Chủ tịch Hội đồng nghiệm thu cơ sở, bị cáo Hùng phải tổ chức nghiệm thu rồi mới chuyển sang giai đoạn thi công tiếp theo. Tuy nhiên, tại một số gói thầu không có hồ sơ thi công thử; tại một số phân đoạn của gói thầu (1, 2, 4, 7) không thực hiện nghiệm thu chuyển giai đoạn sau khi thi công xong lớp đất K98; đối với các gói thầu (1, 2, 3B, 4) cho chuyển sang công nghệ thi công Novachip khi VEC và các đơn vị liên quan chưa nghiên cứu, thử nghiệm hiệu quả của công nghệ này, không thông qua đơn vị Tư vấn thiết kế kỹ thuật, Bộ Giao thông vận tải để điều chỉnh khung pháp lý áp dụng công nghệ khác đối với dự án đang triển khai, thậm chí chưa có Chỉ dẫn kỹ thuật hướng dẫn, quy định thực hiện thi công, nghiệm thu lớp vật liệu này nhưng vẫn chấp nhận nghiệm thu. Hành vi này của bị cáo Hùng bị Viện Kiểm sát xác định là cố ý, biết là sai, biết là không đúng vẫn tiến hành nghiệm thu trái quy định.
Đối với bị cáo Hào, Viện Kiểm sát thấy, quá trình nghiệm thu cơ sở có 5/7 gói thầu chưa hoàn thành vẫn nghiệm thu. Thực tế các gói thầu này đều không đảm bảo chất lượng. Song khi báo cáo lên Hội đồng nghiệm thu Nhà nước, bị cáo đã không nêu lên những tồn tại đó, do đó không đánh giá được thiệt hại, hỏng hóc của các đoạn thi công. Đặc biệt, trong thời gian phụ trách dự án, bị cáo Hào cho chuyển đổi thi công từ lớp VTO sang Novachip và đã không đạt tiêu chuẩn về chất lượng.
Cũng trong phần tranh luận, đại diện nhiều nhà thầu thi công công trình đã đề nghị cơ quan tố tụng tính toán lại phần thiệt hại trong vụ án và đề nghị Hội đồng xét xử không xem xét trách nhiệm bồi thường thiệt hại của các nhà thầu, do Tổng Công ty đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC) không đưa ra mức yêu cầu bồi thường thiệt hại cụ thể đối với từng nhà thầu.
Trình bày tại Tòa, đại diện Tổng Công ty Xây dựng công trình giao thông 6 (Cienco 6) đề nghị Hội đồng xét xử xem xét lại cách tính thiệt hại trong vụ án. Đối với gói thầu 3B thì đa số các chỉ tiêu đều đạt, số lượng chỉ tiêu không đạt rất ít. Do vậy, đại diện Cienco 6 cho rằng gói thầu 3B không có thiệt hại, nếu có thì chỉ là nghĩa vụ bảo hành của nhà thầu theo hợp đồng đã ký với VEC. Đại diện Cienco 6 cam kết sẽ thực hiện nghĩa vụ theo phán quyết của Tòa án, số tiền sử dụng là từ nguồn bảo lãnh bảo hành công trình, hoặc từ các nguồn tiền hợp pháp khác. Cienco 6 không yêu cầu các bị cáo phải có trách nhiệm bồi hoàn và đề nghị Hội đồng xét xử không xem xét yêu cầu bồi thường của VEC do đại diện VEC không đưa ra được con số thiệt hại cụ thể.
Tương tự, đại diện Tổng Công ty cổ phần xuất nhập khẩu và xây dựng Việt Nam (Vinaconex), Cienco 4, Cienco 5… cũng đề nghị Hội đồng xét xử không xem xét trách nhiệm bồi thường thiệt hại của các nhà thầu, do đại diện VEC tại phiên tòa không trình bày mức yêu cầu bồi thường thiệt hại cụ thể đối với từng nhà thầu. Nhà thầu đề nghị Hội đồng xét xử tách vấn đề bồi thường dân sự trong vụ án theo trình tự, thủ tục tố tụng dân sự.
