Theo đó, Viện Kiểm sát Quân sự Trung ương kết luận việc truy tố ông Nguyễn Văn Hiến (khi đó là Tư lệnh Quân chủng Hải quân) về tội Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng là đúng tội, đề nghị phạt 3-4 năm tù.
Viện Kiểm sát Quân sự Trung ương cho rằng, có đủ căn cứ xác định ông Hiến không kiểm tra và chỉ đạo kiểm tra năng lực thực tế của Công ty Yên Khánh, không kiểm tra việc góp vốn bằng giá trị quyền sử dụng ba khu đất trên đường Tôn Đức Thắng, không kiểm tra việc thực hiện ý kiến chỉ đạo của Bộ trưởng Quốc phòng. Sau khi ủy quyền cho Giám đốc Công ty Hải Thành ký hợp đồng, ông không trực tiếp kiểm tra việc thực hiện của các cơ quan và Công ty Hải Thành, dẫn đến bị đối tác sử dụng giấy chứng nhận quyền sử dụng đất mang đi thế chấp, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, chuyển nhượng quyền sở hữu cho bên thứ ba...
Hậu quả, Quân chủng Hải quân mất quyền quản lý, sử dụng ba khu đất trong thời gian 49 năm, gây thất thoát cho ngân sách nhà nước số tiền hơn 939 tỷ đồng.
Tuy nhiên, theo Viện Kiểm sát Quân sự Trung ương, các văn bản do bị cáo Nguyễn Văn Hiến ký, phê duyệt đều do các cơ quan tham mưu, đề xuất. Bị cáo tin tưởng các cơ quan chuyên môn tham mưu, tin tưởng vào việc bàn bạc tập thể song "không có động cơ, mục đích vụ lợi".
Bên cạnh đó, Viện Kiểm sát đề nghị mức hình phạt cho các bị cáo khác trong vụ án này, các bị cáo bị truy tố về tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản” gồm: Đinh Ngọc Hệ (nguyên Phó Tổng Giám đốc Tổng Công ty Thái Sơn, Bộ Quốc phòng, Chủ tịch Hội đồng quản trị, Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần Phát triển đầu tư Thái Sơn Bộ Q.P) 20 năm tù (tổng hợp bản án trước là 30 năm tù), phạt bổ sung 80-100 triệu đồng; Phạm Văn Diệt (nguyên Tổng Giám đốc điều hành Công ty Cổ phần tập đoàn Đức Bình, Giám đốc điều hành Công ty Trách nhiệm hữu hạn Sản xuất Thương mại Dịch vụ Yên Khánh) 15 năm tù, phạt bổ sung 50-70 triệu đồng; Vũ Thị Hoan (nguyên Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn Sản xuất Thương mại Dịch vụ Yên Khánh, Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn Yên Khánh Hải Thành) 7-9 năm tù, phạt bổ sung 20-30 triệu đồng.
Các bị cáo cùng bị truy tố về tội “Vi phạm các quy định về quản lý đất đai”: Bùi Như Thiềm (nguyên Trưởng phòng Phòng Kinh tế, Quân chủng Hải quân) 7-9 năm tù; Bùi Văn Nga (nguyên Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Dịch vụ và Du lịch biển đảo Hải Thành, Quân chủng Hải quân) 6-8 năm tù; Đoàn Mạnh Thảo (nguyên Trưởng phòng Tài chính, Quân chủng Hải quân) 5-7 năm tù; Trần Trọng Tuấn (nguyên Phó Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Dịch vụ và Du lịch biển đảo Hải Thành, Quân chủng Hải quân) 3-4 năm tù.
Theo đánh giá của Viện Kiểm sát quân sự Trung ương, các bị cáo Bùi Như Thiềm, Đoàn Mạnh Thảo, Bùi Văn Nga và Trần Trọng Tuấn đã tham mưu, đề xuất không đúng quy định của pháp luật dẫn đến việc bị cáo Nguyễn Văn Hiến thiếu kiểm tra, xét duyệt, gây thất thoát số tiền đặc biệt lớn.
Các bị cáo Đinh Ngọc Hệ, Phạm Văn Duyệt và Vũ Thị Hoan được xác định đã có hành vi gian dối, giả mạo chữ ký để chuyển quyền sử dụng đất từ Công ty Hải Thành sang Công ty Yên Khánh Hải Thành, sau đó thế chấp vay vốn ngân hàng.
Sau khi Viện Kiểm sát luận tội, Tòa bước vào phần tranh luận.
