Tại lễ bốc thăm trên, các đội hạt giống sẽ được lựa chọn dựa vào bảng xếp hạng ngày 18/6 của Liên đoàn bóng đá thế giới (FIFA) và sẽ được chia thành 2 bảng, mỗi bảng có một đội được chọn ra từ mỗi nhóm trong 6 nhóm. Lịch thi đấu của mỗi bảng sẽ được tự động quyết định dựa trên nhóm tương ứng của mỗi đội.
Do đại dịch COVID-19 tại châu Á, ngay từ ngày 12/8/2020, FIFA đã thông báo việc các trận đấu vòng loại sắp tới dự kiến vào năm 2020 được chuyển sang năm 2021 và vào ngày 11/11/2020, Ủy ban thi đấu của AFC cũng thông báo rằng vòng cuối cùng của vòng loại châu Á sẽ bắt đầu vào tháng 9/2021 và sẽ kết thúc vào tháng 3/2022.
Theo AFC, trong vòng loại thứ 3, hai đội đứng đầu mỗi bảng sẽ giành quyền tham dự vòng chung kết FIFA World Cup 2022, trong khi hai đội đứng thứ 3 sẽ vào vòng 4. Ở vòng 4, hai đội đứng thứ 3 mỗi bảng sẽ thi đấu play-off vào tháng 5 hoặc tháng 6/2022. Thành phố đăng cai và địa điểm tổ chức trận đấu này sẽ được công bố trong lễ bốc thăm vòng 3. Đội thắng trận này sẽ tham gia loạt trận play-off liên lục địa. Bốn đội từ 4 liên đoàn AFC, Liên đoàn bóng đá Bắc, Trung Mỹ và Caribe (CONCACAF), Liên đoàn bóng đá Nam Mỹ (CONMEBOL) và Liên đoàn bóng đá châu Đại Dương (OFC) sẽ được bốc thăm thành hai cặp đấu.
Trong mỗi trận đấu, hai đội sẽ đá hai lượt trận sân nhà và sân khách. Hai đội chiến thắng, được quyết định dựa trên tỷ số chung cuộc, sẽ tham dự FIFA World Cup 2022 tại Qatar. Nếu tổng điểm bằng nhau, luật bàn thắng sân khách sẽ được áp dụng, tức là đội ghi được nhiều bàn thắng hơn trên sân khách trong hai lượt trận sẽ đi tiếp. Nếu bàn thắng trên sân khách cũng bằng nhau, 30 phút hiệp phụ sẽ được thi đấu.
Luật bàn thắng sân khách một lần nữa được áp dụng sau hiệp phụ, tức là nếu có bàn thắng được ghi trong hiệp phụ và tỷ số chung cuộc vẫn bằng nhau, đội khách sẽ đi tiếp nhờ ghi được nhiều bàn thắng hơn trên sân khách. Nếu không có bàn thắng nào được ghi trong hiệp phụ, cặp đấu sẽ được quyết định bằng loạt sút luân lưu.
