Theo Liên đoàn Bóng đá Việt Nam, vòng Chung kết năm 2021 có sự đổi mới, nâng số đội tham dự lên 12 thay vì 8 đội như mọi năm nhằm tạo điều kiện thêm nhiều trận đấu để các cầu thủ có thêm cơ hội tranh tài, qua đó nâng cao kinh nghiệm và tích lũy bản lĩnh thi đấu. Do số lượng đội nhiều hơn nên thời gian tổ chức Vòng chung kết cũng lâu hơn. Theo đó, Giải sẽ diễn ra từ ngày 30/3 - 15/4, tại Bình Dương.
Các đội bóng tham dự được chia thành 3 bảng đấu, mỗi bảng 4 đội. Hai đội nhất, nhì ở 3 bảng và 2 đội đứng thứ ba có thành tích tốt nhất sẽ giành quyền vào chơi Tứ kết. Theo kết quả bốc thăm, bảng A gồm Bình Dương, Hoàng Anh Gia Lai, Trung tâm đào tạo bóng đá trẻ (PVF) và Sông Lam Nghệ An. Bảng B gồm Sài Gòn, Quảng Nam, Hà Nội và An Giang. Bảng C có sự hiện diện của Khánh Hòa, Bình Định, NutiFood và Đồng Tháp.
Đội vô địch sẽ nhận phần thưởng 80 triệu đồng. Các giải nhì và đồng hạng ba lần lượt sẽ nhận giải thưởng trị giá 50 triệu đồng và 30 triệu đồng. Ngoài ra, Ban tổ chức còn trao giải phong cách cũng như các phần thưởng cá nhân khác như Cầu thủ xuất sắc nhất, Vua phá lưới, Thủ môn xuất sắc nhất.
Bình Dương được chọn là nơi đăng cai Vòng chung kết vì nơi đây có sân bãi đủ điều kiện. Ngoài ra, lịch thi đấu của Giải vô địch bóng đá U19 quốc gia 2021 không quá “đụng” với lịch V-League 2021 của Bình Dương. Bên cạnh đó, thời gian qua công tác phòng, chống dịch COVID-19 được tỉnh thực hiện rất tốt, nên việc mở cửa đón khán giả đến sân cổ vũ có thể sẽ được áp dụng cho cả V-League 2021 lẫn Giải vô địch bóng đá U19 quốc gia 2021 trong thời gian tới. Do đó, người hâm mộ Bình Dương sẽ có dịp đến sân đông đảo để cổ vũ các cầu thủ trẻ được xem là thế hệ tương lai cho World Cup 2030.
Theo lịch thi đấu Vòng chung kết Giải vô địch bóng đá U19 quốc gia 2021, ngày 30/3 sẽ diễn ra hai trận đấu, trong đó vào lúc 15 giờ 30 phút là Hoàng Anh Gia Lai - Sông Lam Nghệ An; 18 giờ là hai đội Bình Dương và Trung tâm đào tạo bóng đá trẻ.
