Theo cáo trạng, các bị can bị Viện Kiểm sát xác định là đã nâng khống giá mua thuốc H-Capita giả để chữa bệnh ung thư thêm 6,8 tỷ đồng để thu lời bất chính. Khoản tiền này, Lê Thị Vũ Phương (nguyên Kế toán Trưởng Công ty VN Pharma) giao cho thủ quỹ Công ty VN Pharma quản lý. Thực hiện chỉ đạo của Ngô Anh Quốc (nguyên Phó Tổng Giám đốc Công ty VN Pharma), Lê Thị Vũ Phương đã sử dụng chi phí cho việc tiêu thụ các lô thuốc trước đó của Công ty VN Pharma.
Số thuốc chữa bệnh ung thư giả sau khi được các bị can đưa về Việt Nam đã được mang giới thiệu, chào bán ở nhiều nơi. Các bị can đã dành riêng một khoản tiền lớn để chi phí cho hoạt động bán thuốc của Công ty VN Pharma.
Qua điều tra đã xác định, Nguyễn Minh Hùng có chủ trương chi tiền để trình dược viên sử dụng chi phí cho việc bán thuốc của công ty. Trong thời gian từ tháng 10/2014 đến tháng 5/2015, Công ty VN Pharma đã sử dụng số tiền hơn 14,1 tỷ đồng có được từ việc nâng khống giá mua thuốc và nguyên liệu làm thuốc, để chi phí cho việc bán thuốc.
Trong số hơn 14,1 tỷ đồng này, cơ quan tố tụng đã xác định được 6,8 tỷ đồng là tiền nâng giá lô thuốc H-Capita, số tiền còn lại chưa xác định được là tiền nâng giá của những lô thuốc nào. Toàn bộ số tiền này không hạch toán vào sổ sách kế toán, không có tài liệu, chứng cứ thể hiện việc nhận tiền, quà của các bác sỹ, điều dưỡng, nhân viên y tế tại các bệnh viện mà Công ty VN Pharma bán thuốc nên Cơ quan điều tra không đủ căn cứ để kết luận hành vi cụ thể trong việc nhận tiền, quà của các bác sỹ, điều dưỡng, nhân viên y tế tại các bệnh viện.
Quá trình điều tra còn xác định, ngoài thuốc H-Capita giả để chữa bệnh ung thư, trước đó, năm 2012, thông qua Võ Mạnh Cường tự nhận là người đại diện của Công ty Health 2000 Canada, Nguyễn Minh Hùng đã sử dụng Giấy phép đăng ký lưu hành (Visa) do Bộ Y tế cấp cho Công ty Coduphar và Công ty Vimedimex năm 2009-2010 để mua 4 loại thuốc mang tên Công ty Health 2000 Canada sản xuất gồm: Kafotax 1000, Kaderox 250, H2K Levofloxacin và H2K Ciprofloxacin. Quá trình nhập khẩu các thuốc trên, Nguyễn Minh Hùng và đồng phạm đã làm giả hợp đồng mua bán, chứng từ nhập khẩu thuốc với Công ty Austin Hồng Kông.
Để thực hiện hành vi phạm tội, các bị can đã bàn bạc, thuê người viết các hồ sơ thuốc khác mang nhãn mác Công ty Helix Canada. Cụ thể, Nguyễn Minh Hùng thuê một số dược sỹ viết, chỉnh sửa nhiều bộ hồ sơ thuốc khác lấy tên Công ty Helix Canada giả để Công ty VN Pharma đăng ký lưu hành thuốc và xin cấp phép nhập khẩu tại Cục Quản lý Dược. Trong đó có 7 loại thuốc được cấp số đăng ký lưu hành gồm: H2K Levofloxacin 250, H2K Levofloxacin 500, H-Levo 500, Levofloxacin 750, H2K Ciprofloxacin 200, H2K Ciprofloxacin 400, H-Cipox 200 và 3 loại thuốc được cấp giấy phép nhập khẩu gồm: H-Rabez 20mg, H-Epra 40mg, H-Lastapen 500mg.
Sau khi khởi tố vụ án, Cục Quản lý Dược (Bộ Y tế) đã thu hồi số đăng ký lưu hành và giấy phép nhập khẩu các thuốc trên. Đối với 7 loại thuốc được cấp số đăng ký lưu hành và 3 loại thuốc được cấp giấy phép nhập khẩu nêu trên được viết và chỉnh sửa đứng tên Công ty Helix Canada (là Công ty không có thật tại Canada) đã được thu hồi và chưa được nhập khẩu.
Liên quan đến vụ án, cơ quan điều tra đã tiến hành xác minh về việc cấp Giấy phép hoạt động của doanh nghiệp nước ngoài về thuốc và nguyên liệu làm thuốc tại Việt Nam số 28/BYT ngày 18/6/2014 của Bộ Y tế cho Công ty Helix Canada. Kết quả điều tra xác định: Hồ sơ, giấy tờ của Công ty Helix Canada nộp cho Cục Quản lý Dược đề nghị đăng ký cấp phép hoạt động bị làm giả tài liệu hợp pháp hóa lãnh sự.
Do thời hạn điều tra đã hết, Cơ quan điều tra đã tách hồ sơ, tiếp tục điều tra, làm rõ trách nhiệm của các cá nhân liên quan đến việc lập hồ sơ, cấp phép nhập khẩu thuốc mang nhãn mác Health 2000 Canada; việc cấp số đăng ký lưu hành cho 7 loại thuốc; việc cấp giấy phép nhập khẩu 3 loại thuốc mang nhãn mác Công ty Helix Canada và việc cấp Giấy phép hoạt động số 28/GP-2014/2 ngày 18/6/2014 cho Công ty Helix Canada để xử lý sau. Về nội dung này, Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao tiếp tục yêu cầu Cơ quan điều tra làm rõ, xử lý trong giai đoạn tiếp theo.
