Ông Magubane làm việc tại phòng nhiếp ảnh của tạp chí văn hóa đô thị người da màu Drum trước khi chuyển sang cầm máy ảnh - nghề nghiệp giúp ông nhanh chóng tập trung vào việc ghi lại thực tế khắc nghiệt của chế độ phân biệt chủng tộc và những khoảnh khắc quan trọng trong cuộc đấu tranh vì bình đẳng.
Năm 1969, ông bị bắt khi đang đưa tin về các cuộc biểu tình trước nhà tù nơi bà Winnie Mandela - vợ của cố Tổng thống Nelson Mandela, và các nhà hoạt động khác đang bị giam giữ. Ông bị bỏ tù và biệt giam 586 ngày, phải ngừng hoạt động nhiếp ảnh trong 5 năm sau khi được trả tự do.
Ông Magubane bị bắt trở lại vào năm 1971 và bị giam trong vài tháng, sau đó tiếp tục làm việc trong sự giám sát của cảnh sát.
Trong cuộc nổi dậy của sinh viên da màu tại Nam Phi biểu tình phản đối quy định buộc tất cả các trường học của người da màu phải sử dụng tiếng Afrikaans, ngôn ngữ chính của những người thực dân gốc Hà Lan, và tiếng Anh như ngôn ngữ giảng dạy tại thị trấn Soweto năm 1976, ông Magubane đã chụp được một số hình ảnh nổi bật nhất về cuộc nổi dậy của sinh viên và gây được tiếng vang rộng rãi. Ông cũng trở thành nhiếp ảnh gia chính thức của ông Nelson Mandela khi nhà lãnh đạo chống chủ nghĩa phân biệt chủng tộc được ra tù năm 1990 và cho đến khi ông trở thành tổng thống 4 năm sau đó.
Một trong những hình ảnh mang tính biểu tượng nhất của ông Magubane là bức ảnh từ năm 1956, chụp một cô gái trẻ da trắng ngồi trên chiếc ghế dài được đánh dấu "Chỉ dành cho người châu Âu", trong khi người giúp việc da đen ngồi phía sau cô ở phía bên kia của chiếc ghế.
