Phiên tòa được xét xử kín để bảo vệ những người dưới 18 tuổi, giữ bí mật đời tư, thuần phong mỹ tục... theo quy định của pháp luật. Chỉ những người có giấy triệu tập của tòa mới được vào trong. Bị cáo Lê Tùng Vân do tuổi cao, sức yếu đã có đơn nên được Hội đồng xét xử chấp thuận được xét xử vắng mặt.
Theo cáo trạng truy tố, từ năm 1973 đến năm 1988, Lê Tùng Vân cùng với Cao Thị Cúc (sinh năm 1960), bà L.T.V. (đã qua đời) sống tại Quận 6, Thành phố Hồ Chí Minh; sau đó chuyển đến sống cùng một số người khác tại xã Phạm Văn Hai, huyện Bình Chánh. Trong quá trình sống chung, Lê Tùng Vân có chung với bà L.T.V. 6 người con, trong đó có con gái L.T.K.D. (sinh năm 1993); có chung với bà Cúc 2 người con, trong đó có con gái L.T.H.T. (sinh năm 1993). Những người này gọi ông Vân là thầy, tự xưng là đệ tử.
Lê Tùng Vân biết rõ K.D. và H.T. là con gái ruột của mình nhưng vẫn thực hiện hành vi giao cấu và sinh ra 3 người con vào năm 2014 và 2015. Để đối phó với cơ quan chức năng, tháng 12/2020, Lê Tùng Vân bàn bạc với 3 người con trai ruột gồm Lê Thanh Hoàn Nguyên (sinh năm 1990), Lê Thanh Nhất Nguyên (sinh năm 1991), Lê Thanh Trùng Dương (sinh năm 1995) và bà Cúc soạn một hợp đồng buôn bán tinh trùng ghi tháng 1/2014 giữa bị can Lê Tùng Vân và bà L.T.V., để bà L.T.V. viết lại theo nội dung mà Hoàn Nguyên đã soạn sẵn, thời gian khớp với thời gian sinh của 3 bé.
Kết quả điều tra xác định, năm 2014 và 2015, hai người con gái của Lê Tùng Vân không tiến hành phương pháp thụ tinh nhân tạo tại các cơ sở y tế trên cả nước cũng như tại nước ngoài. Giám định cũng cho thấy Lê Tùng Vân có quan hệ cha - mẹ - con với 2 người con gái ruột của mình và 3 bé sinh năm 2014-2015.
Trong vụ án này, Cơ quan điều tra cũng kết luận chưa đủ căn cứ chứng minh hai người con gái biết Lê Tùng Vân là cha ruột, nên không xem xét trách nhiệm. Hiện bà L.T.V. đã chết, không có căn cứ chứng minh bà Cúc đồng phạm với Lê Tùng Vân trong vụ án.
Ngoài ra, Hoàn Nguyên, Nhất Nguyên, Trùng Dương và bà Cúc có tham gia bàn bạc, thảo luận viết hợp đồng mua bán tinh trùng giữa Lê Tùng Vân với bà L.T.V. nhằm che giấu hành vi phạm tội của Vân. Tuy nhiên, Cơ quan điều tra chưa đủ cơ sở chứng minh những người này là đồng phạm.
Trước đó, tháng 7/2022, bị cáo Lê Tùng Vân bị tuyên phạt 5 năm tù về tội lợi dụng các quyền tự do dân chủ xâm phạm lợi ích của nhà nước, quyền, lợi ích hợp pháp của tổ chức, cá nhân trong vụ án xảy ra tại Tịnh thất Bồng Lai (sau đổi tên là Thiền am bên bờ vũ trụ) gây xôn xao dư luận. Tổng hợp hai vụ án, bị cáo Lê Tùng Vân phải chịu mức án 8 năm tù.
