Theo nội dung vụ án, bị cáo Trần Công Thiện, nguyên Tổng Giám đốc Công ty Xây dựng Tân Thuận đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn để thực hiện, chỉ đạo các bị cáo trong Công ty thực hiện các hành vi trái pháp luật nhằm chuyển nhượng phần đất đã đền bù tại hai dự án Khu dân cư Phước Kiển và Khu dân cư Ven Sông cho Công ty Quốc Cường Gia Lai, gây thiệt hại cho Nhà nước.
Bị cáo Tất Thành Cang, khi đó là Phó Bí thư Thường trực Thành ủy TP Hồ Chí Minh đã có bút phê "Đồng ý" vào Tờ trình số 1206 ngày 25/5/2015 của Văn phòng Thành ủy xin Phó Bí thư Thường trực Thành ủy chủ trương cho Công ty Xây dựng Tân Thuận chuyển nhượng phần đất đã đền bù, công trình đã đầu tư tại dự án khu dân cư Phước Kiển với giá chuyển nhượng là 1.290.000 đồng/m2 mà không báo cáo Ban Thường vụ Thành ủy quyết định. Các bị cáo là cán bộ Văn phòng Thành ủy khi đó đã thiếu trách nhiệm trong công việc dẫn đến hậu quả của vụ án.
Phiên xử sơ thẩm, Tòa án nhân dân TP Hồ Chí Minh tuyên các bị cáo về tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí". Trong đó: Tất Thành Cang 6 năm tù, tổng hợp với bản án trong vụ án tại IPC và SADECO, buộc bị cáo chấp hành hình phạt chung cho hai bản án là 14 năm 6 tháng tù. Phạm Văn Thông, nguyên Phó Chánh Văn phòng Thành ủy Thành phố Hồ Chí Minh, bị tuyên phạt 11 năm tù, tổng hợp án là 17 năm tù. Huỳnh Phước Long, nguyên Trưởng Phòng Quản lý đầu tư kinh doanh vốn, Văn phòng Thành ủy, bị tuyên phạt 9 năm tù, tổng hợp án là 21 năm tù.
Trần Công Thiện bị tuyên phạt 13 năm tù, tổng hợp là 26 năm tù. Nguyễn Văn Minh, nguyên Chủ tịch Hội đồng thành viên Công ty Xây dựng Tân Thuận, bị tuyên phạt 8 năm tù, tổng hợp án là 11 năm tù. Trần Tấn Hải, nguyên Phó Tổng Giám đốc Công ty, bị tuyên phạt 5 năm tù. Hai bị cáo Nguyễn Thị Ngọc Bích (nguyên Kế toán trưởng), Nguyễn Xuân Tùng (nguyên Trưởng Phòng Kinh doanh tổng hợp) bị tuyên phạt 4 năm tù. Hai bị cáo Phan Thanh Tân (nguyên Phó Chánh Văn phòng Thành ủy) và Nguyễn Hoàng Việt (nguyên Kiểm soát viên Công ty) bị tuyên phạt 3 năm tù.
Về trách nhiệm dân sự, Hội đồng xét xử tuyên buộc các bị cáo phải đền bù thiệt hại theo tỷ lệ tương ứng với trách nhiệm của từng bị cáo trong vụ án. Về số tiền 16,9 tỷ đồng Công ty Quốc Cường Gia Lai đã nộp vào tài khoản tạm giữ của Cơ quan An ninh điều tra, Hội đồng xét xử tuyên trả cho Công ty Xây dựng Tân Thuận, buộc các bị cáo liên đới bồi thường số tiền 16,9 tỷ đồng này cho Công ty Quốc Cường Gia Lai.
Sau bản án sơ thẩm, 9/10 bị cáo kháng cáo (bị cáo Tất Thành Cang không kháng cáo), Công ty Quốc Cường Gia Lai (người có quyền và nghĩa vụ liên quan) kháng cáo và Viện Kiểm sát nhân dân TP Hồ Chí Minh kháng nghị phần xác định thời điểm thất thoát tài sản Nhà nước trong bản án.
Tuyên án phúc thẩm ngày hôm nay, Hội đồng xét xử Tòa án nhân dân cấp cao tại Thành phố Hồ Chí Minh tuyên chấp nhận kháng cáo xin giảm nhẹ của các bị cáo Nguyễn Thị Ngọc Bích (giảm từ 4 năm xuống 2 năm 4 tháng tù), bị cáo Phan Thanh Tân (giảm từ 3 năm tù xuống 3 năm tù nhưng cho hưởng án treo). Các bị cáo khác Hội đồng xét xử tuyên giữ nguyên hình phạt như bản án sơ thẩm.
Về kháng nghị của Viện Kiểm sát, Hội đồng xét xử tuyên bác do nhận định, thiệt hại từ hành vi phạm tội gây ra phải xác định ở thời điểm hành vi phạm tội hoàn thành.
Về kháng cáo của Công ty Quốc Cường Gia Lai, Hội đồng xét xử tuyên chấp nhận trả lại 16,9 tỷ (số tiền lãi Công ty Tân Thuận trả lại cho Công ty Quốc Cường Gia Lai). Theo Hội đồng xét xử, các bị cáo phạm tội vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát lãng phí, chủ thể bị thiệt hại là Công ty Xây dựng Tân Thuận. Do đó, phải hoàn trả cho Công ty Quốc Cường Gia Lai 16,9 tỷ đồng rồi buộc các bị cáo bồi thường số tiền này cho Công ty Xây dựng Tân Thuận. Nội dung yêu cầu tòa tuyên cho Công ty Quốc Cường Gia Lai tiếp tục thực hiện dự án Khu dân cư Ven Sông, Hội đồng xét xử tuyên không chấp nhận vì cho rằng vượt quá thẩm quyền của Hội đồng xét xử.
