Theo cáo trạng, năm 2002, UBND thành phố Hà Nội ra quyết định cho phép UBND xã Mỹ Đình thuê 10.224m2 đất trong thời hạn 30 năm để xây dựng Khu dịch vụ thương mại xã Mỹ Đình. Chủ đầu tư là UBND xã Mỹ Đình có trách nhiệm thành lập Ban Quản lý để tổ chức quản lý, khai thác khu dịch vụ thương mại theo quy định của pháp luật. Năm 2003, UBND xã Mỹ Đình ký hợp đồng với Sở Địa chính - Nhà đất Hà Nội thuê 10.224m2 đất để xây dựng Khu dịch vụ thương mại xã Mỹ Đình, trong thời hạn 30 năm.
Sau khi được thuê đất, UBND phường Mỹ Đình huy động tiền xã hội hóa để xây dựng Khu dịch vụ thương mại xã Mỹ Đình, giai đoạn 1 và được UBND huyện Từ Liêm xác định Khu dịch vụ thương mại xã Mỹ Đình là tài sản cố định của UBND xã Mỹ Đình trị giá 4,7 tỷ đồng. UBND xã Mỹ Đình có trách nhiệm ghi tăng tài sản cố định để quản lý theo quy định của pháp luật. Tuy nhiên, khi xây dựng xong công trình, Lưu Quang Tuấn (khi đó là Chủ tịch UBND xã) và Lê Văn Tiến (khi đó là Phó Chủ tịch UBND xã) không thành lập Ban Quản lý để tổ chức quản lý, khai thác theo quyết định UBND thành phố và không ghi tăng tài sản cố định là Khu dịch vụ thương mại xã Mỹ Đình vào sổ tài sản của UBND xã Mỹ Đình để quản lý.
Ngày 2/4/2004, Lưu Quang Tuấn chỉ đạo Lê Văn Tiến ký Biên bản bàn giao khu đất này và các công trình xây dựng trên đất cho Hợp tác xã Mỹ Đình do ông Nguyễn Bá Linh làm Chủ nhiệm để quản lý, khai thác. Sau khi được bàn giao, Hợp tác xã Mỹ Đình đã tổ chức kinh doanh, cho các tổ chức, hộ gia đình thuê đất trong Khu dịch vụ thương mại và xây dựng các công trình trên đất trong khi không được cấp phép để kinh doanh và cho thuê lại.
Trong thời gian từ năm 2004 - 2020, Hợp tác xã Mỹ Đình thu được tổng số tiền 31,8 tỷ đồng. Toàn bộ số tiền thu được, Hợp tác xã tự hạch toán thu, chi sử dụng hết vào các chi phí vận hành, chi lương bảo vệ, nộp tiền thuê đất cho nhà nước, chi cổ tức cho các xã viên.
Đến tháng 7/2011, UBND xã Mỹ Đình có tờ trình đề nghị HĐND xã xem xét, nhất trí cho phép Hợp tác xã Mỹ Đình làm các thủ tục pháp lý để chuyển quyền sử dụng khu đất này. Cũng trong tháng 7/2011, HĐND xã họp, Lê Văn Tiến, lúc này là Chủ tịch HĐND ký Nghị quyết thông qua việc chuyển quyền sử dụng khu đất cho Hợp tác xã Mỹ Đình.
Tuy nhiên, năm 2014, Sở Tài nguyên và Môi trường Hà Nội tiến hành thanh tra và kết luận UBND xã Mỹ Đình không thực hiện trách nhiệm theo quyết định của UBND thành phố Hà Nội mà bàn giao Khu dịch vụ thương mại cho Hợp tác xã Mỹ Đình khai thác, sử dụng không đúng quy định. Tiếp đó, ngày 4/11/2014, UBND thành phố Hà Nội ra quyết định thu hồi diện tích 10.224m2 với lý do sử dụng đất sai mục đích, vi phạm Khoản 1, Điều 64 - Luật Đất đai. Sở Tài chính Hà Nội xác định trong trường hợp bị thu hồi do vi phạm pháp luật, người sử dụng đất là UBND xã Mỹ Đình không được trả lại tiền sử dụng đất, tiền thuê đất đã nộp cũng như chi phí đầu tư vào đất, giá trị còn lại của tài sản gắn liền với đất.
Hậu quả thiệt hại vụ án được xác định là 4,7 tỷ đồng là trị giá công trình xây dựng nói trên và bị thu hồi toàn bộ không hoàn trả lại cho UBND xã Mỹ Đình.
Quá trình thu hồi đất, Hợp tác xã Mỹ Đình đã bàn giao cho Ban Quản lý dự án quận Nam Từ Liêm 4.850m2 đất để xây dựng Trường Mầm non Mỹ Đình 2; bàn giao cho UBND phường Mỹ Đình 2 và Trung tâm phát triển quỹ đất Nam Từ Liêm hơn 1.700m2. Diện tích 3.614m2 còn lại chưa được bàn giao gồm vỉa hè, đường đi bao quanh và các công trình xây dựng trái phép của Công ty Cổ phần Quốc tế Tâm Từ Anh và Công ty Cổ phần NTC Việt Nam.
Tại Cơ quan điều tra, hai bị can Tuấn và Tiến thừa nhận hành vi bàn giao Khu dịch vụ thương mại Mỹ Đình cho Hợp tác xã Mỹ Đình là không đúng quy định. Bản thân các bị can không được hưởng lợi gì từ việc này.
Ông Nguyễn Bá Linh (cựu Chủ tịch Hợp tác xã Mỹ Đình) khai đã nhận bàn giao theo chủ trương của Đảng ủy xã. Khi nhận bàn giao xã yêu cầu sử dụng đúng quy định pháp luật, không yêu cầu Hợp tác xã phải nộp lại số tiền kinh doanh thu được. Do vậy, Cơ quan điều tra xác định ông Linh không đồng phạm với hai bị can Tuấn và Tiến.
