Theo Điều 38 của Luật Cảnh sát biển Việt Nam quy định trách nhiệm quản lý nhà nước đối với Cảnh sát biển Việt Nam như sau:
1. Chính phủ thống nhất quản lý nhà nước đối với Cảnh sát biển Việt Nam.
2. Bộ trưởng Bộ Quốc phòng chịu trách nhiệm trước Chính phủ thực hiện quản lý nhà nước đối với Cảnh sát biển Việt Nam.
Tư lệnh Cảnh sát biển Việt Nam chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng Bộ Quốc phòng về tổ chức, quản lý, chỉ huy, điều hành hoạt động của Cảnh sát biển Việt Nam.
3. Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ, trong phạm vi nhiệm vụ, quyền hạn của mình, có trách nhiệm phối hợp với Bộ trưởng Bộ Quốc phòng thực hiện quản lý nhà nước đối với Cảnh sát biển Việt Nam.
Tại Kỳ họp thứ 6, Quốc hội khóa XIV, ngày 19/11/2018, Quốc hội đã thông qua Luật Cảnh sát biển Việt Nam và có hiệu lực từ ngày 1/7/2019. Đây là đạo luật có ý nghĩa quan trọng đặc biệt, quy định cụ thể những hoạt động của Cảnh sát biển Việt Nam.
