Theo đó, Trường THPT chuyên Trần Đại Nghĩa và Trường THCS - THPT Trần Đại Nghĩa đều là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở Giáo dục và Đào tạo TP Hồ Chí Minh, có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng tại Kho bạc Nhà nước theo quy định của pháp luật.
Trụ sở của Trường THPT chuyên Trần Đại Nghĩa đặt tại địa chỉ Lô P2 Khu tái định cư 38,4 ha, phường An Khánh, thành phố Thủ Đức, TP Hồ Chí Minh và trụ sở Trường THCS - THPT Trần Đại Nghĩa đặt tại địa chỉ số 53 Nguyễn Du, phường Bến Nghé, Quận 1, TP Hồ Chí Minh.
Theo quyết định trên, UBND TP Hồ Chí Minh giao cho Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo có trách nhiệm chỉ đạo việc thực hiện đề án tổ chức lại Trường THPT chuyên Trần Đại Nghĩa theo hướng đảm bảo hoạt động của Trường THPT chuyên Trần Đại Nghĩa và Trường THCS - THPT Trần Đại Nghĩa theo đúng quy định hiện hành; sắp xếp cơ cấu tổ chức, nhân sự, cơ sở vật chất, thiết bị của 2 trường theo đúng quy định của Bộ Giáo dục và Đào tạo và quy định của pháp luật.
Trường THPT chuyên Trần Đại Nghĩa sau khi tổ chức lại có trách nhiệm tiếp tục thực hiện chức năng nhiệm vụ theo quy định của Bộ Giáo dục và Đào tạo về Điều lệ THCS, THPT và trường phổ thông có nhiều cấp học ban hành kèm theo Thông tư số 32/2020/TT-BGDĐT và Quy chế tổ chức và hoạt động của trường trung học phổ thông chuyên ban hành kèm theo Thông tư số 05/2023/TT-BGDĐT.
Trường THPT chuyên Trần Đại Nghĩa thực hiện tuyển sinh và đào tạo lớp 10 chuyên cấp THPT kể từ năm học 2024 - 2025; tiếp tục tổ chức các lớp không chuyên cấp THPT (đã tuyển từ năm học 2023 - 2024 trở về trước) cho đến khi học hết lớp 12 và tổ chức các lớp cấp THCS (đã tuyển từ năm học 2023 - 2024 trở về trước) cho đến khi học hết lớp 9.
Trường THCS - THPT Trần Đại Nghĩa sau khi tổ chức lại có trách nhiệm thực hiện chức năng, nhiệm vụ theo quy định của Bộ Giáo dục và Đào tạo ban hành Điều lệ trường THCS, trường THPT và trường phổ thông có nhiều cấp học ban hành kèm theo Thông tư số 32/2020/TT-BGDĐT. Thực hiện tuyển sinh và đào tạo lớp 6 và lớp 10 kể từ năm học 2024 - 2025.
Trước đó, vào tháng 4/2024, sau khi UBND TP Hồ Chí Minh đồng ý chủ trương tách Trường THPT chuyên Trần Đại Nghĩa thành Trường THCS - THPT Trần Đại Nghĩa và Trường THPT chuyên Trần Đại Nghĩa, Sở Giáo dục và Đào tạo cũng đã xây dựng đề án tuyển sinh của Trường THCS - THPT Trần Đại Nghĩa.
Đề án tuyển sinh của Trường THCS - THPT Trần Đại Nghĩa thực hiện tuyển sinh lớp 10 theo hình thức thi tuyển thông qua kỳ thi lớp 10 diễn ra vào ngày 6 - 7/6 và tuyển sinh lớp 6 thông qua bài khảo sát đánh giá năng lực tương tự như hình thức khảo sát lớp 6 Trường THPT chuyên Trần Đại Nghĩa trước đây.
