Sau 20 năm thực hiện Nghị Quyết 13-NQ/TW, số lượng hợp tác xã nông nghiệp đã tăng 12.569. Từ năm 2012 đến nay, trung bình mỗi năm tăng thêm 800 hợp tác xã. Không chỉ tăng nhanh về số lượng, chất lượng và hiệu quả hoạt động của các hợp tác xã nông nghiệp cũng đã được cải thiện (trong đó có 2.200 hợp tác xã ứng dụng công nghệ cao). Năm 2020, doanh thu của các hợp tác xã đạt bình quân 2,44 tỷ đồng/năm, thu nhập bình quân của người lao động thường xuyên đạt 40,5 triệu đồng/năm, gấp 9,1 lần so với năm 2001.
Bên cạnh những kết quả đạt được về kinh tế tập thể, hợp tác xã vẫn bộc lộ những hạn chế, bất cập . Cụ thể, quá trình triển khai Nghị quyết 13-NQ/TW còn chậm; một số cấp ủy Đảng, chính quyền các địa phương còn lúng túng, thiếu các biện pháp, giải pháp cụ thể, thậm chí chưa thực sự quan tâm đúng mức đến kinh tế tập thể, hợp tác xã. Số lượng hợp tác xã thành lập mới tăng mạnh, nhưng số hợp tác xã hoạt động có hiệu quả còn thấp, thiếu tính bền vững, quy mô thành viên và doanh thu của các hợp tác xã nông nghiệp còn nhỏ bé. Các dịch vụ sơ chế, chế biến, bảo quản, số lượng các hợp tác xã có khả năng liên kết hiệu quả với doanh nghiệp, chế biến, tiêu thụ nông sản cho thành viên hợp tác xã và nông dân cũng chưa nhiều, mới chỉ đạt khoảng 24% tổng số hợp tác xã.
