Ủy ban sông Mê Công quốc tế được thành lập từ 1956 dưới sự bảo trợ của Liên hợp quốc để điều phối tài trợ và quản lý tài nguyên trong lưu vực. Đến năm 1995, bốn nước Campuchia, Lào, Thái Lan và Việt Nam đã ký Hiệp định hợp tác Mê Công 1995 và thành lập Ủy hội sông Mê Công (thay cho Ủy ban sông Mê Công).
Ủy hội sông Mê Công (MRC) đang triển khai Kế hoạch Chiến lược chu kỳ 5 năm (2016-2020) gồm 7 kết quả chính và hơn 190 hoạt động với tổng kinh phí ước tính khoảng 60 triệu USD. Mục tiêu của Kế hoạch là nhằm thực hiện các ưu tiên của Chiến lược phát triển lưu vực dựa trên quản lý tổng hợp tài nguyên nước, tiếp tục thực hiện chuyển giao các chức năng chủ chốt về quản lý lưu vực sông về cho quốc gia và các hoạt động của cải tổ Ban Thư ký Ủy hội.