Công tác thanh, kiểm tra tập trung vào các dự án có quy mô sử dụng đất lớn, các tổ chức sử dụng đất có nguồn gốc từ nông trường, lâm trường tại 4 tỉnh gồm: Bắc Ninh, Cà Mau, Gia Lai và Kon Tum.
Theo kế hoạch, Tổng cục Quản lý đất đai thanh tra việc quản lý, sử dụng đất đối với các cơ sở sản xuất, kinh doanh ngoài khu công nghiệp, cụm công nghiệp, khu kinh tế theo Đề án "Tăng cường xử lý vi phạm trong quản lý, sử dụng đất đai đến năm 2020" trên địa bàn 5 tỉnh, gồm: Hà Nam, Nghệ An, Bình Dương, Tây Ninh, Hải Dương.
Bên cạnh đó, sẽ tổ chức kiểm tra, đôn đốc việc thực hiện các nội dung Đề án tại 14 tỉnh: Phú Thọ, Yên Bái, Bắc Ninh, Lạng Sơn, Tuyên Quang, Bình Định, Quảng Nam, Đà Nẵng, Bà Rịa -Vũng Tàu, Kon Tum, Lâm Đồng, Phú Yên, Khánh Hòa và thành phố Hải Phòng.
Đặc biệt là thanh tra việc chấp hành pháp luật đất đai đối với các dự án FDI và các dự án khác sử dụng nhiều diện tích đất, mặt nước ven biển nhưng chậm triển khai, hoạt động kém hiệu quả (theo Chỉ thị số 03/CT-TTg ngày 25/7/2018 của Thủ tướng Chính phủ) trên địa bàn 2 tỉnh Khánh Hòa và Bình Thuận.
Mặt khác, Tổng cục Quản lý đất đai sẽ kiểm tra việc thực hiện các nội dung quản lý nhà nước về đất đai ở địa phương theo quy định của Luật Đất đai năm 2013, trọng tâm là việc ban hành văn bản quy phạm pháp luật thuộc thẩm quyền; việc giao đất, cho thuê đất, chuyển mục đích sử dụng đất; việc thu hồi, bồi thường, hỗ trợ tái định cư trên địa bàn 5 tỉnh: Quảng Ngãi, Quảng Ninh, Bạc Liêu, Kiên Giang và Thành phố Hồ Chí Minh.
Kiểm tra việc quản lý sử dụng đất sắp xếp lại cơ sở nhà đất thuộc sở hữu nhà nước, do các đơn vị sự nghiệp hoặc doanh nghiệp sử dụng theo Quyết định 09/2007 ngày 19/1/2007 của Thủ tướng Chính phủ tại Tập đoàn dệt may Việt Nam, Tổng công ty Thương mại Hà Nội (Hapro) và Tổng công ty Thương mại Sài Gòn.
Về lĩnh vực môi trường, sẽ thanh tra việc chấp hành pháp luật về bảo vệ môi trường đối với các tổ chức sản xuất, kinh doanh, dịch vụ trên địa bàn 20 tỉnh/thành phố trực thuộc Trung ương, gồm: Bắc Giang, Bắc Kạn, Hải Phòng, Lào Cai, Nghệ An, Phú Thọ, Quảng Ninh, Thanh Hóa, Vĩnh Phúc, Thừa Thiên - Huế, Bình Định, Khánh Hòa, Lâm Đồng, Đồng Nai, Long An, Bà Rịa - Vũng Tàu, Bình Thuận, Tiền Giang, Đồng Tháp và thành phố Cần Thơ.
Thanh tra việc chấp hành pháp luật về bảo vệ môi trường đối với các cơ sở xử lý chất thải nguy hại trên địa bàn 10 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương gồm: Thành phố Hồ Chí Minh, Kiên Giang, Bình Dương, Bình Phước, An Giang, Hải Dương, Hưng Yên, Thái Nguyên, Hà Nội, Quảng Ngãi.
Tổng cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam tiến hành thanh tra chuyên đề xác định sản lượng khoáng sản khai thác thực tế bằng phương pháp đo đạc hiện trạng mỏ đối với các mỏ đá vôi, đá sét làm nguyên liệu xi măng trên địa bàn 8 tỉnh, gồm: Hà Nam, Thanh Hóa, Nghệ An, Quảng Nam, Thừa Thiên Huế, Tây Ninh, Bình Phước, Kiên Giang.
Kiểm tra việc chấp hành pháp luật khoáng sản trong hoạt động khai thác than tại Tập đoàn Công nghiệp Than - Khoáng sản Việt Nam, Tổng Công ty Đông Bắc (BQP) tại tỉnh Quảng Ninh; hoạt động khai thác và sử dụng puzolan tại tỉnh Bà Rịa-Vũng Tàu.
Kiểm tra việc chấp hành pháp luật về khoáng sản tại 2 tỉnh Quảng Trị và Quảng Nam. Kiểm tra hoạt động thăm dò khoáng sản theo giấy phép của Bộ Tài nguyên và Môi trường cấp tại 3 tỉnh: Bình Định, Ninh Thuận và Đắk Lắk.
Kiểm tra công tác cấp phép hoạt động khoáng sản của UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương đối với khu vực phân tán, nhỏ lẻ đã được Bộ Tài nguyên và Môi trường phê duyệt tại 2 tỉnh Phú Yên và Gia Lai. Kiểm tra chuyên đề hoạt động khai thác khoáng sản, bảo vệ môi trường trong hoạt động khai thác tại 6 tỉnh: Bắc Giang, Cao Bằng, Bắc Kạn, Bình Thuận, Đắk Lắk và Kon Tum.
Các cơ quan, đơn vị cần đổi mới phương thức trong chỉ đạo, điều hành hoạt động thanh tra, tiếp công dân và giải quyết khiếu nại, tố cáo; tăng cường công tác thanh tra đột xuất khi có dấu hiệu vi phạm pháp luật qua các phương tiện thông tin đại chúng và phản ảnh của người dân, doanh nghiệp nhằm tạo ra một bước đột phá quan trọng trong hoạt động thanh tra, kiểm tra; các đơn vị phải dành 50 - 60% kinh phí và nguồn nhân lực để bố trí phục vụ cho các cuộc thanh tra, kiểm tra đột xuất, tham gia phối hợp với các đơn vị khác trong công tác thanh tra, kiểm tra khi được yêu cầu và thực hiện các nhiệm vụ phát sinh.
Các Tổng cục: Quản lý đất đai, Môi trường, Địa chất và Khoáng sản Việt Nam, Biển và Hải đảo Việt Nam và Cục Quản lý tài nguyên nước có trách nhiệm phối hợp với Chánh Thanh tra Bộ và Sở Tài nguyên và Môi trường các tỉnh, thành phố khảo sát, xây dựng kế hoạch cụ thể trình Bộ trưởng xem xét, quyết định trước khi triển khai các cuộc thanh tra.