Luật Thuế giá trị gia tăng gồm 4 chương, 17 điều, có hiệu lực thi hành từ ngày 1/7/2025. Luật quy định về đối tượng chịu thuế, đối tượng không chịu thuế, người nộp thuế, căn cứ và phương pháp tính thuế, khấu trừ và hoàn thuế giá trị gia tăng.
Báo cáo trước khi Quốc hội biểu quyết thông qua, ông Lê Quang Mạnh, Chủ nhiệm Ủy ban Tài chính - Ngân sách của Quốc hội cho biết, Luật Thuế giá trị gia tăng hiện hành đang quy định mức doanh thu không chịu thuế giá trị gia tăng là 100 triệu đồng/năm. Theo số liệu tính toán của Bộ Tài chính, nếu mức doanh thu không chịu thuế là 200 triệu đồng/năm thì số thu ngân sách nhà nước sẽ giảm khoảng 2.630 tỷ đồng; nếu mức doanh thu không chịu thuế là 300 triệu đồng/năm thì số thu ngân sách nhà nước sẽ giảm khoảng 6.383 tỷ đồng.
Do đó, để bảo đảm mức tăng hợp lý của ngưỡng doanh thu không chịu thuế, tương đối phù hợp với tỷ lệ tăng GDP và CPI bình quân từ năm 2013 đến nay, dự thảo Luật quy định mức ngưỡng doanh thu 200 triệu đồng/năm như đã thể hiện trong dự thảo Luật.
Chủ nhiệm Ủy ban Tài chính - Ngân sách cho hay, nhiều ý kiến thống nhất với đề xuất áp thuế suất 5% đối với phân bón. Một số ý kiến đề nghị giữ như quy định hiện hành; có ý kiến đề nghị áp dụng thuế suất 0% hoặc 1%, 2%. Có ý kiến đề nghị đánh giá toàn diện tác động của quy định này đối với nông dân và sản xuất nông nghiệp, thủy sản. Có ý kiến lo ngại về khả năng doanh nghiệp trục lợi chính sách, nâng giá bán làm ảnh hưởng đến nông dân.
Về ý kiến đề xuất đưa phân bón vào diện áp dụng thuế suất giá trị gia tăng 0% (hoặc 1%, 2%), báo cáo của Ủy ban Thường vụ Quốc hội cho thấy, nếu quy định phân bón áp dụng thuế suất 0% thì sẽ bảo đảm lợi ích cho cả doanh nghiệp sản xuất phân bón trong nước và doanh nghiệp nhập khẩu vì đều sẽ được hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào đã nộp và không phải nộp thuế giá trị gia tăng đầu ra.
Tuy nhiên, trong trường hợp này, hàng năm Nhà nước sẽ phải bỏ ra ngân sách để hoàn thuế cho các doanh nghiệp. Ngoài yếu tố bất cập đối với ngân sách nhà nước, việc áp dụng thuế suất 0% đối với phân bón là trái với nguyên tắc, thông lệ của thuế giá trị gia tăng là thuế suất 0% chỉ áp dụng đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, không áp dụng với tiêu dùng trong nước. Việc áp dụng theo hướng này sẽ phá vỡ tính trung lập của chính sách thuế, tạo tiền lệ xấu và không công bằng với các ngành sản xuất khác.
Theo giải trình của cơ quan soạn thảo, việc quy định thêm mức thuế suất 2% sẽ phải kết cấu lại Luật Thuế giá trị gia tăng như thiết kế khoản riêng về mức thuế suất, bổ sung quy định hoàn thuế giá trị gia tăng đối với trường hợp này. Việc quy định thuế suất 1% hoặc 2% đối với phân bón cũng không phù hợp với mục tiêu cải cách thuế giá trị gia tăng là giảm bớt số lượng các mức thuế suất, không gia tăng số lượng các mức thuế suất so với quy định hiện hành như đã được giải trình với các đại biểu Quốc hội.
Cũng theo Chủ nhiệm Ủy ban Tài chính - Ngân sách của Quốc hội, có ý kiến đề nghị không miễn các loại thuế đối với hàng hóa nhập khẩu có giá trị nhỏ qua các sàn thương mại điện tử và đề nghị quy định rõ nội dung trong Nghị quyết chung của kỳ họp về việc chấm dứt Quyết định số 78/2010/QĐ-TTg.
Trong thời gian gần đây đã xuất hiện một số sàn thương mại điện tử bán hàng vào Việt Nam với giá trị rất nhỏ, rất thấp, rất rẻ và rất cạnh tranh. Ủy ban Thường vụ Quốc hội đánh giá cao việc Chính phủ đã kịp thời đề xuất bổ sung các quy định về việc thu thuế đối với kinh doanh thương mại điện tử trong cả dự thảo Luật Thuế giá trị gia tăng và dự thảo Luật Quản lý thuế để tăng cường hiệu quả quản lý thu thuế. Tuy nhiên, nếu Quyết định số 78 chưa chấm dứt hiệu lực thi hành thì các nội dung sửa đổi của Luật Thuế giá trị gia tăng và Luật Quản lý thuế sẽ chưa thể phát huy hiệu lực để bảo đảm việc thu thuế đối với thương mại điện tử - ông Lê Quang Mạnh cho biết.
Vì vậy, tiếp thu ý kiến đại biểu Quốc hội, Ủy ban Thường vụ Quốc hội đưa nội dung này vào Nghị quyết chung của Kỳ họp, yêu cầu Chính phủ khẩn trương ban hành Nghị định về quản lý hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu giao dịch qua kênh thương mại điện tử, bảo đảm không cho phép miễn thuế nhập khẩu đối với hàng giá trị nhỏ; trước mắt chấm dứt ngay hiệu lực của Quyết định 78/2010/QĐ-TTg, làm cơ sở cho cơ quan quản lý thuế có căn cứ pháp lý và chế tài quản lý thu đối với các sàn thương mại điện tử nước ngoài bán hàng hóa vào Việt Nam.
