Theo đó, kết quả kiểm tra khi có dấu hiệu vi phạm đối với Chi ủy Chi bộ Ban Quản lý Khu kinh tế Phú Quốc, Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy Kiên Giang kết luận Chi ủy từng lúc chưa sâu sát trong lãnh đạo, chỉ đạo, thiếu kiểm tra, giám sát Ban Quản lý trong việc tổ chức thực hiện chức năng, nhiệm vụ được giao, dẫn đến Ban Quản lý có những hạn chế, thiếu sót.
Cụ thể là Ban Quản lý Khu kinh tế Phú Quốc chưa thực hiện tốt công tác phối hợp với UBND thành phố Phú Quốc trong việc lập quy hoạch xây dựng, quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất dẫn đến việc lập, thẩm định, phê duyệt quy hoạch xây dựng đối với một số dự án đầu tư không có trong kế hoạch sử dụng đất hàng năm. Việc quản lý đất đai trong khu chức năng chưa tốt để xảy ra một số trường hợp lấn chiếm đất, xây dựng trái phép.
Mặt khác, Ban Quản lý Khu kinh tế Phú Quốc chưa thường xuyên kiểm tra, giám sát, rà soát tiến độ triển khai thực hiện dự án đối với các nhà đầu tư đã được giao đất, cho thuê đất nhưng chưa triển khai đưa đất vào sử dụng theo tiến độ đầu tư. Ban Quản lý tham mưu, trình cấp có thẩm quyền cho chủ trương và Ban Quản lý quyết định chấp thuận chủ trương đầu tư đối với một số dự án không đúng quy định.
Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy Kiên Giang yêu cầu Chi ủy Chi bộ Ban Quản lý Khu kinh tế Phú Quốc và tập thể lãnh đạo Ban Quản lý tổ chức kiểm điểm, rút kinh nghiệm sâu sắc đối với hạn chế, thiếu sót đã nêu, đồng thời đề nghị tổ chức kiểm điểm rút kinh nghiệm 6 thành viên có liên quan. Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy Kiên Giang đề nghị xem xét kỷ luật ông Nguyễn Thanh Tùng, Ủy viên Ban Thường vụ Thành ủy, Bí thư Chi bộ, Trưởng Ban Quản lý Khu kinh tế Phú Quốc với hình thức khiển trách. Đối với việc quyết định miễn tiền thuê đất hơn 97 tỷ đồng không đúng quy định, sau khi đoàn kiểm tra chỉ ra sai sót, Ban Quản lý Khu kinh tế Phú Quốc ra quyết định khắc phục kịp thời.
