Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư là Phó Chủ tịch Thường trực Hội đồng. Ngoài ra, Hội đồng có 3 Phó Chủ tịch là: Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường, Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải. Ủy viên Thường trực là Thứ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư.
Quyết định nêu rõ các nội dung, lĩnh vực hoạt động điều phối liên kết vùng, phát triển bền vững thích ứng với biến đổi khí hậu bao gồm: Liên kết phát triển kinh tế - xã hội vùng đồng bằng sông Cửu Long; điều phối phát triển bền vững đồng bằng sông Cửu Long thích ứng với biến đổi khí hậu; điều phối thực hiện Quy hoạch vùng đồng bằng sông Cửu Long thời kỳ 2021-2030, tầm nhìn đến năm 2050; các hoạt động, liên kết khác quy định tại Quyết định số 593/QĐ-TTg ngày 6/4/2016 của Thủ tướng Chính phủ; nội dung, lĩnh vực khác theo sự phân công của Thủ tướng Chính phủ.
Hội đồng có nhiệm vụ tham mưu, đề xuất với Thủ tướng Chính phủ về cơ chế, chính sách, chiến lược, quy hoạch, kế hoạch, chương trình, đề án, nhiệm vụ, dự án có quy mô vùng và có tính chất liên kết vùng và phát triển bền vững đồng bằng sông Cửu Long thích ứng với biến đổi khí hậu.
Đồng thời, giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo điều phối, đôn đốc, kiểm tra, giám sát các bộ, ngành, địa phương thực hiện quy hoạch vùng, chiến lược, cơ chế, chính sách, quy hoạch, kế hoạch, chương trình, đề án, dự án, nhiệm vụ có quy mô vùng và có tính chất liên kết vùng và phát triển bền vững ĐBSCL thích ứng với biến đổi khí hậu.
Hội đồng còn có nhiệm vụ thông qua kế hoạch triển khai các hoạt động về phát triển bền vững vùng đồng bằng sông Cửu Long; tổ chức các hoạt động chung xúc tiến đầu tư, thương mại, du lịch, truyền thông của vùng; thành lập các tiểu ban điều phối theo ngành, lĩnh vực hoặc theo các tiểu vùng; thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn khác theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ.
Thủ tướng Chính phủ cũng ban hành Quy chế hoạt động của Hội đồng điều phối vùng đồng bằng sông Cửu Long giai đoạn 2020-2025. Theo đó, thực hiện phối hợp phải bảo đảm nguyên tắc đồng thuận giữa các bộ, ngành; giữa các bộ, ngành với các địa phương và giữa các địa phương với nhau trong vùng. Việc chủ trì tổ chức thực hiện công tác phối hợp sẽ được giao cho bộ, ngành, địa phương nào có chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn liên quan nhiều nhất đến lĩnh vực hoặc nhiệm vụ cần phối hợp đó.
Hoạt động điều phối được thực hiện thông qua Hội nghị Hội đồng điều phối vùng. Trên cơ sở nội dung các chủ trương, chính sách phát triển kinh tế, xã hội, các bộ, ngành, địa phương trong vùng thảo luận để thỏa thuận, thống nhất và triển khai các nội dung thực hiện liên kết, phối hợp.
Quyết định nêu rõ: Hội đồng điều phối vùng làm việc theo chế độ tập thể, thảo luận, trao đổi ý kiến để thỏa thuận thống nhất vì lợi ích chung của vùng, đề cao trách nhiệm cá nhân của người đứng đầu; Chủ tịch Hội đồng có ý kiến kết luận cuối cùng.
