Ban quản lý Dự án gồm: Ông Nguyễn Khắc Hiền, Giám đốc Sở Y tế ,là Giám đốc Ban quản lý dự án; bà Lã Thị Lan, Phó Giám đốc Trung tâm Kiểm soát bệnh tật thành phố Hà Nội, là Phó Giám đốc Ban quản lý dự án... Các cán bộ tham gia Ban quản lý Dự án được hưởng phụ cấp từ nguồn ngân sách nhà nước của Thành phố theo quy định tại Nghị định số 16/2016/NĐ-CP ngày 16/3/2016 về quản lý và sử dụng vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) và vốn vay ưu đãi của các nhà tài trợ nước ngoài.
Văn phòng thường trực BQL đặt tại Trung tâm Kiểm soát bệnh tật thành phố Hà Nội; có tài khoản riêng tại ngân hàng để nhận kinh phí từ dự án; có con dấu riêng để thực hiện giao dịch trong phạm vi nhiệm vụ và quyền hạn được phép và theo quy định của Ban Quản lý các dự án hỗ trợ phòng, chống HIV/AIDS Trung ương.
Ban quản lý Dự án chịu trách nhiệm xây dựng Kế hoạch hoạt động của Dự án năm 2018 và các năm tiếp theo trình UBND Thành phố phê duyệt theo quy định; Tổ chức triển khai, phối hợp, theo dõi giám sát các hoạt động dự án tại Thành phố Hà Nội theo Kế hoạch được phê duyệt và theo hướng dẫn của Bộ Y tế. Định kỳ báo cáo tiến độ thực hiện các hoạt động và tài chính cho Ban Quản lý các dự án hỗ trợ phòng, chống HIV/AIDS Trung ương và UBND Thành phố theo đúng quy định.
