Ban Quản lý có tư cách pháp nhân, có tài khoản riêng, con dấu hình quốc huy; kinh phí quản lý hành chính nhà nước, kinh phí hoạt động sự nghiệp, vốn đầu tư phát triển do ngân sách nhà nước cấp theo kế hoạch hàng năm và nguồn kinh phí khác theo quy định của pháp luật.
Ban Quản lý thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn theo quy định tại Nghị định số 118/2015/NĐ-CP ngày 12/11/2015; Điều 37, 38 Nghị định số 29/2008/NĐ-CP ngày 14/3/2008 và khoản 21 Điều 1 Nghị định số 164/2013/NĐ-CP ngày 12/11/2013 và các văn bản pháp luật khác có liên quan.
Ban Quản lý có Trưởng ban và không quá 3 Phó Trưởng ban. Cơ cấu tổ chức của Ban Quản lý gồm: Văn phòng, 3 phòng chuyên môn, nghiệp vụ; đơn vị sự nghiệp công lập.