Theo nội dung văn bản của Bộ Văn hoá, Thể thao và Du lịch thỏa thuận Báo cáo kinh tế - kỹ thuật tu bổ, tôn tạo di tích chùa Xuyên Dương, gồm các hạng mục: Tôn tạo, xây mới Tam quan, nhà Tổ, nhà vong, nhà Tăng - nhà ăn (Trai đường), nhà bếp - nhà kho, nhà vệ sinh.
Đồng thời, Bộ Văn hóa Thể thao và Du lịch đề nghị UBND thành phố Hà Nội chỉ đạo chủ đầu tư bổ sung vào phần căn cứ pháp lý: Nghị định số 166/2018/NĐ-CP ngày 25 tháng 12 năm 2018 của Chính phủ quy định thẩm quyền, trình tự, thủ tục lập, thẩm định, phê duyệt quy hoạch, dự án bảo quản, tu bổ, phục hồi di tích lịch sử - văn hóa, danh lam thắng cảnh (thay Nghị định số 70/2012/NĐ-CP); Thông tư số 17/2013/TT-BVHTTDL ngày 30 tháng 12 năm 2013 của Bộ trưởng Bộ Văn hóa Thể thao và Du lịch hướng dẫn xác định chi phí lập quy hoạch, dự án, báo cáo kinh tế - kỹ thuật bảo quản, tu bổ, phục hồi di tích; Thông tư số 15/2019/TT-BVHTTDL ngày 31 tháng 12 năm 2019 của Bộ trưởng Bộ Văn hóa Thể thao và Du lịch quy định chi tiết một số quy định về bảo quản, tu bổ, phục hồi di tích (thay Thông tư số 18/2012/TT-BVHTTDL).
Cụ thể trong hồ sơ tôn tạo di tích chùa Xuyên Dương: Đối với hạng mục nhà Tổ, cần bố trí vách ngăn giữa không gian thờ Tổ với không gian nghỉ tiếp khách. Điều chỉnh thiết kế mái khu thờ Tổ thành chữ Nhị. Bên cạnh đó không làm hoa chanh bờ nóc, bờ chảy và kìm mái tại nhà Tổ, nhà Tăng, nhà bếp; Bổ sung phương án phòng cháy chữa cháy và chống mối.
Bộ Văn hóa Thể thao và Du lịch cũng có ý kiến, đề nghị UBND thành phố Hà Nội chỉ đạo các cơ quan liên quan bổ sung, hoàn thiện hồ sơ, thông báo rộng rãi nội dung tu bổ, tôn tạo di tích chùa Xuyên Dương tại địa phương để tạo sự đồng thuận và triển khai các bước tiếp theo theo quy định của pháp luật.
