Cụ thể, vụ tai nạn xảy ra khoảng 15 giờ cùng ngày. Vào thời gian trên, tàu khách SE6 đang di chuyển theo hướng từ Nam ra Bắc, đến Km 242+150 thuộc phường Quỳnh Thiện thì va chạm với xe ô tô con 4 chỗ biển kiểm soát 37A 197.66 (do nữ tài xế chưa rõ danh tính điều khiển) lưu thông từ Quốc lộ 1A băng qua đường ngang đi lên khối Tân Hương, phường Quỳnh Thiện. Cú đâm mạnh khiến xe ô tô con lật ngửa sang một bên, nữ tài xế tử vong tại chỗ.
Vị trí xảy ra tai nạn là đường ngang có biển báo, không có gác chắn.
Đến 15 giờ 30 phút, các cơ quan chức năng vẫn có mặt tại nơi xảy ra tai nạn để khám nghiệm hiện trường, điều tra nguyên nhân vụ tại nạn và phân luồng giao thông để đường sắt lưu thông trở lại.
