Như thông tin trước đó, ở môn bóng đá nam, Ban Tổ chức (BTC) tiến hành phân loạt hạt giống cho 10 đội tham dự dựa trên thành tích cao nhất của các đội tuyển trong hai kỳ SEA Games gần nhất (năm 2017 tại Kuala Lumpur và 2019 tại Philippines).
Theo đó, nhóm 1 gồm Việt Nam và Thái Lan (mỗi đội 1 lần vô địch), nhóm 2 gồm Indonesia và Malaysia (mỗi đội 1 lần hạng Nhì), nhóm 3 gồm Myanmar và Campuchia (1 đội hạng Ba và 1 đội vào bán kết), nhóm 4 gồm Philippines và Singapore (mỗi đội 1 lần xếp thứ ba tại vòng bảng), nhóm 5 gồm Lào và Timor Leste (đứng thứ tư và thứ năm vòng bảng).
Các đội được bốc thăm vào 2 bảng A và B. Đội chủ nhà Việt Nam mang mã số A1 thi đấu trận khai mạc, Thái Lan sẽ mang mã số B1. Các nhóm còn lại sẽ bốc thăm vào các mã số tương ứng.
Các đội sẽ thi đấu vòng tròn một lượt tính điểm xếp hạng để chọn 2 đội có thành tích tốt nhất tại hai bảng vào thi đấu bán kết, chung kết và tranh HCĐ. Môn bóng đá nam khởi tranh từ ngày 6/5, trong đó Bảng A thi đấu ở SVĐ Việt Trì (Phú Thọ). Bảng B thi đấu ở SVĐ Thiên Trường (Nam Định).
Trước đó, BTC đã tiến hành bốc thăm môn bóng đá nữ SEA Games 31. Theo đó, đội tuyển nữ Việt Nam nằm ở bảng A cùng với Philippines, Indonesia và Campuchia. Bảng B gồm: Thái Lan, Singapore, Myanmar và Lào.
