Nhiều năm qua, Vùng thông báo bay (FIR) trên khu vực đảo Riau vẫn đang được Singapore quản lý dựa trên những thỏa thuận quốc tế nhằm đảm bảo an toàn hàng không. Phía Indonesia đang tìm cách tiếp nhận lại quyền kiểm soát vùng thông báo bay này. Thủ tướng Lý Hiển Long khẳng định Singapore mong muốn hai nước thảo luận vấn đề này theo cách cởi mở và xây dựng. Tổng thống Joko Widodo cho hay Indonesia rất hoan nghênh bộ khung thỏa thuận đàm phán về FIR và cho rằng FIR không chỉ là vấn đề chủ quyền mà còn cần phải đảm bảo yêu cầu về an toàn và hiệu quả hàng không.
Về lĩnh vực quân sự, Thủ tướng Lý Hiển Long khẳng định quan hệ quốc phòng hai nước vững chắc và tiếp tục được thúc đẩy ngày càng mạnh mẽ, thể hiện qua hàng loạt các cuộc tập trận chung và trao đổi đoàn giữa các cơ quan quốc phòng. Singapore muốn Indonesia tôn trọng và công nhận quyền của Singapore trong việc tiến hành các cuộc huấn luyện quân sự trên Biển Đông theo điều 51 của Công ước Liên hợp quốc về Luật Biển 1982 (UNCLOS 1982).
Nhằm tăng cường hợp tác hơn nữa, Bộ Quốc phòng Indonesia (Kemhan) và Bộ Quốc phòng Singapore (Mindef) đã nhất trí thiết lập cơ chế thường niên về trao đổi và đối thoại quốc phòng là Chương trình Trao đổi Kemhan-Mindef. Theo đó, sáng kiến này sẽ cho phép quân đội hai nước trao đổi thường xuyên những thông tin và quan điểm hai bên, đồng thời tăng cường quan hệ quốc phòng hai nước. Cũng theo Bộ quốc phòng Singapore, cuộc tập trận chung Huấn luyện Thực địa chống khủng bố năm 2020 sẽ được tổ chức tại Indonesia.
Hai nhà lãnh đạo cho hay đã yêu cầu quan chức hai bên bám sát những nội dung đàm phán cụ thể của thỏa thuận khung nói trên, đồng thời cố gắng hoàn tất và thực thi các thỏa thuận này trong thời gian thích hợp.
