Nhà ga số 2 là khu vực dành cho các chuyến bay đi và đến các nước trong Khu vực miễn thị thực Schengen.
Cảnh sát cho biết toàn bộ các chuyến bay xuất phát từ sân bay Vaclav Havel đã bị hủy, trong khi các chuyến bay đến được chuyển sang hạ cánh ở nhà ga số 1. Hiện cảnh sát Séc đang tiến hành điều tra về vụ việc trên.
Hồi tháng 12/2016, một máy bay chở 160 hành khách đang trên đường từ Tây Ban Nha tới Ba Lan cũng đã phải hạ cánh khẩn cấp xuống sân bay Vaclav Havel của Séc do bị đe dọa có bom.
Máy bay đã hạ cánh khẩn cấp sau khi các nhân viên kiểm soát không lưu của sân bay này nhận được thông báo từ viên phi công trên chuyến bay cho biết có một người đàn ông trên máy bay đe dọa đánh bom. Đối tượng đe dọa sau đó đã bị cảnh sát Praha bắt giữ.
