Mục tiêu tổng quát nhằm bảo đảm an ninh tài nguyên nước trên lưu vực sông, điều hòa, phân bổ tài nguyên nước một cách phù hợp, khai thác, sử dụng tiết kiệm, hiệu quả gắn với bảo vệ, phát triển bền vững tài nguyên nước nhằm đáp ứng nhu cầu nước cho dân sinh, phát triển kinh tế-xã hội, bảo đảm quốc phòng, an ninh và bảo vệ môi trường, bảo vệ tài nguyên nước, phòng, chống suy thoái, cạn kiệt, ô nhiễm nguồn nước và tác hại do nước gây ra, đáp ứng yêu cầu quản lý tổng hợp tài nguyên nước theo lưu vực sông và thích ứng với biến đổi khí hậu.
Mục tiêu đến năm 2030 điều hòa, phân bổ nguồn nước bảo đảm hài hòa lợi ích cho các địa phương, các đối tượng khai thác, sử dụng nước tiết kiệm, hiệu quả nhằm nâng cao giá trị kinh tế của nước, bảo đảm an ninh tài nguyên nước, thích ứng với biến đổi khí hậu và phù hợp với các điều ước quốc tế liên quan đến tài nguyên nước mà Việt Nam đã tham gia đối với lưu vực sông Bằng Giang-Kỳ Cùng.
Đồng thời, bảo vệ tài nguyên nước, từng bước bảo đảm số lượng, chất lượng nước đáp ứng các mục tiêu phát triển kinh tế-xã hội; bảo đảm lưu thông dòng chảy, phòng, chống sạt lở bờ, bãi sông, giảm thiểu tác hại do nước gây ra, phòng, chống sụt, lún do khai thác nước dưới đất.
Bên cạnh đó, quản lý, vận hành hệ thống thông tin, dữ liệu giám sát thực hiện quy hoạch, một số chỉ số an ninh tài nguyên nước của lưu vực sông phù hợp; phấn đấu đạt được một số chỉ tiêu cơ bản của quy hoạch: 60% vị trí duy trì dòng chảy tối thiểu trên sông được giám sát tự động, trực tuyến, 40% còn lại được giám sát định kỳ. 100% các nguồn nước liên tỉnh được công bố khả năng tiếp nhận nước thải. 100% công trình khai thác, sử dụng nước, xả nước thải vào nguồn nước được giám sát vận hành và kết nối hệ thống theo quy định. 100% hồ, ao có chức năng điều hòa, có giá trị cao về đa dạng sinh học không được san lấp được công bố và 70% nguồn nước phải lập hành lang bảo vệ được cắm mốc hành lang bảo vệ nguồn nước.
Theo quy hoạch, các nguồn nước liên tỉnh, liên quốc gia trên lưu vực sông Bằng Giang-Kỳ Cùng gồm các sông: Bằng Giang, Hiến, Minh Khai, Tả Cáy, Nậm Cung, Bắc Khê, Khuổi O, Thả Cao, Bắc Giang, Kỳ Cùng có chức năng sử dụng cho các mục đích cấp nước sinh hoạt, sản xuất công nghiệp, sản xuất nông nghiệp, du lịch, thủy điện, giao thông thủy.
Tổng lượng nước có thể khai thác, sử dụng trên toàn lưu vực ứng với tần suất 50% là 9.112 triệu m3, ứng với tần suất 85% là 7.318 triệu m3.
