Mục tiêu tổng quát nhằm gia tăng diện tích, phục hồi, đảm bảo tính toàn vẹn và kết nối các hệ sinh thái tự nhiên; quản lý và bảo tồn hiệu quả các loài hoang dã, nguồn gen quý hiếm; xây dựng và phát triển hệ thống khu bảo tồn thiên nhiên, hành lang đa dạng sinh học, cơ sở bảo tồn đa dạng sinh học, khu vực đa dạng sinh học cao, cảnh quan sinh thái quan trọng, vùng đất ngập nước quan trọng góp phần ứng phó với biến đổi khí hậu và phát triển bền vững đất nước.
Cụ thể, Quy hoạch mở rộng, nâng cấp và nâng cao hiệu quả quản lý hệ thống khu bảo tồn thiên nhiên; chuyển tiếp 178 khu bảo tồn hiện có (trong đó chuyển hạng 7, mở rộng 27 khu bảo tồn); thành lập mới 61 khu bảo tồn; nâng tổng diện tích hệ thống khu bảo tồn trên phạm vi toàn quốc khoảng 6,6 triệu ha.
Củng cố và phát triển hệ thống cơ sở bảo tồn đa dạng sinh học, hành lang đa dạng sinh học, vùng đất ngập nước quan trọng; chuyển tiếp 13 cơ sở bảo tồn đa dạng sinh học hiện có, cấp giấy chứng nhận 9 cơ sở bảo tồn đa dạng sinh học; chuyển tiếp 3 hành lang đa dạng sinh học hiện có, hình thành 7 hành lang đa dạng sinh học; hình thành 10 vùng đất ngập nước quan trọng cấp quốc gia.
Đồng thời, hình thành hệ thống khu vực đa dạng sinh học cao, cảnh quan sinh thái quan trọng gồm 22 khu vực đa dạng sinh học cao với tổng diện tích khoảng 2 triệu ha, 10 cảnh quan sinh thái quan trọng với tổng diện tích khoảng 4 triệu ha.
Đến năm 2050, các hệ sinh thái tự nhiên quan trọng, các loài nguy cấp, quý, hiếm, nguồn gen có giá trị bảo tồn được phục hồi, bảo tồn hiệu quả; đa dạng sinh học và dịch vụ hệ sinh thái được lượng giá, sử dụng bền vững và mang lại lợi ích thiết yếu trong phát triển kinh tế xã hội, góp phần bảo đảm an ninh môi trường, chủ động ứng phó với biến đổi khí hậu, phát triển bền vững đất nước...
Định hướng Quy hoạch bảo tồn đa dạng sinh học thời kỳ 2021 - 2030 theo 8 vùng sinh thái trên phạm vi cả nước gồm: Đông Bắc; Tây Bắc; Đồng bằng sông Hồng; Bắc Trung Bộ; Nam Trung Bộ; Tây Nguyên; Đông Nam Bộ; Đồng bằng sông Cửu Long.
Quyết định đưa ra các giải pháp thực hiện Quy hoạch gồm giải pháp về: Cơ chế, chính sách; đào tạo, tăng cường năng lực; tài chính, đầu tư; tuyên truyền, nâng cao nhận thức cộng đồng; hợp tác quốc tế; tổ chức thực hiện, giám sát thực hiện quy hoạch...
