Mục tiêu quy hoạch nhằm bảo tồn, gìn giữ và phát huy các giá trị nổi bật về địa chất, địa mạo, cảnh quan thiên nhiên, hang động, hệ sinh thái, đa dạng sinh học và các giá trị tự nhiên đặc sắc khác của Di tích quốc gia đặc biệt Danh lam thắng cảnh Hồ Ba Bể; đồng thời bảo tồn các giá trị di sản văn hóa phi vật thể và bản sắc văn hóa của cộng đồng các dân tộc trong khu vực di tích và phụ cận.
Nhận diện đầy đủ các giá trị đặc sắc, nổi bật của Danh lam thắng cảnh Hồ Ba Bể; giải quyết các vấn đề bất cập về dân cư, phát triển du lịch, hạ tầng kỹ thuật. Xác định chức năng, chỉ tiêu sử dụng đất cho khu vực di tích, khu dân cư, khu vực bảo vệ môi trường sinh thái. Tổ chức không gian, bố trí hệ thống hạ tầng phù hợp với các giai đoạn bảo tồn và phát huy giá trị di tích.
Phát huy giá trị Di tích quốc gia đặc biệt Danh lam thắng cảnh Hồ Ba Bể gắn với phát triển du lịch bền vững, hình thành thương hiệu du lịch đặc sắc của địa phương; hình thành tuyến kết nối du lịch - di sản liên vùng với các khu, điểm du lịch của vùng miền núi phía Bắc, hướng tới mục tiêu trở thành khu du lịch quốc gia trước năm 2030 và trung tâm du lịch trọng điểm của toàn vùng Trung du và miền núi Bắc Bộ.
Quy hoạch làm cơ sở pháp lý cho công tác lập, thẩm định, phê duyệt và triển khai các dự án thành phần bảo quản, tu bổ, phục hồi, tôn tạo, khai quật khảo cổ và phát huy giá trị Danh lam thắng cảnh Hồ Ba Bể theo quy hoạch được duyệt. Xây dựng quy định quản lý, kiểm soát không gian quy hoạch kiến trúc cảnh quan khu vực di tích và các giải pháp quản lý, bảo vệ di tích theo quy hoạch được duyệt, bảo đảm sự phù hợp với quy hoạch khác có liên quan...
Nội dung quy hoạch gồm: Quy hoạch phân vùng chức năng; quy hoạch tổ chức tổng thể không gian kiến trúc cảnh quan di tích; quy hoạch bảo tồn, tôn tạo, phát huy giá trị di tích; bảo tồn và phát huy giá trị văn hóa phi vật thể; định hướng phát huy giá trị di tích gắn với phát triển du lịch; quy hoạch hạ tầng kỹ thuật...
Theo quy hoạch tổ chức tổng thể không gian kiến trúc cảnh quan di tích, tổ chức tổng thể không gian kiến trúc, cảnh quan của khu vực quy hoạch lấy Hồ Ba Bể làm hạt nhân, xác lập thành 4 không gian chức năng chính, gồm:
Không gian phía Bắc: Khai thác giá trị nổi bật về cảnh quan sông nước, thác, hang động tự nhiên, văn hóa bản địa và đầu mối kết nối Hồ Ba Bể với khu vực Na Hang (tỉnh Tuyên Quang) dọc theo sông Năng.
Không gian phía Nam: Cửa ngõ phía Nam của di tích; hình thành không gian bảo tồn và phát huy các giá trị văn hóa, kiến trúc bản địa; khai thác các giá trị cảnh quan, sinh thái, văn hóa cộng đồng và tiềm năng phát triển du lịch, dịch vụ dọc sông Lèng.
Không gian phía Đông: Cửa ngõ phía Đông của di tích; hình thành trung tâm đón tiếp, điều hành, khai thác các sản phẩm du lịch sinh thái, giáo dục môi trường, nghỉ dưỡng gắn với Vườn quốc gia Ba Bể.
Không gian phía Tây: Không gian bảo tồn và khai thác các giá trị văn hóa của cộng đồng bản địa người Mông, kết hợp với du lịch nghỉ dưỡng, vui chơi giải trí và sinh thái.
Các không gian được kết nối theo các trục liên kết chính, gồm: Trục liên kết sinh thái tự nhiên Hồ Ba Bể; liên kết theo trục giao thông Quốc lộ 3C (đường 254 hiện tại); Tuyến Khang Ninh - Na Hang; Tuyến Nam Mẫu - Quảng Khê.
Theo định hướng phân khu chức năng, di tích quốc gia đặc biệt Danh lam thắng cảnh Hồ Ba Bể được quy hoạch phát triển thành 19 phân khu chức năng, bảo đảm lồng ghép với các định hướng quy hoạch xây dựng làm cơ sở triển khai các dự án thành phần.
Về định hướng thị trường khách du lịch: Khách du lịch trong nước là thị trường chủ đạo, hướng đến tăng dần tỷ trọng khách du lịch quốc tế; chú trọng khai thác các phân khúc khách chi trả cao và có trách nhiệm trong bảo vệ môi trường và di sản văn hóa.
Sản phẩm du lịch: Phát triển sản phẩm du lịch đặc thù gồm du lịch trải nghiệm, khai thác các giá trị nổi bật về cảnh quan, địa chất: Hình thành chuỗi các sản phẩm: Thung lũng đá thạch nhũ (Động Hua Mạ và khu vực ven sông Lèng), Làng nhà sàn (khu vực Pác Ngòi), vùng đất ngập nước (khu vực suối Cốc Tộc), Rừng cao nguyên (khu vực Khau Qua), Sông nước (khu vực sông Năng) và Thác nước (khu vực thác Đầu Đẳng); du lịch cộng đồng khai thác các giá trị bản sắc văn hóa dân tộc ít người Tày, Mông, Dao, Nùng.
Các sản phẩm du lịch chính: Du lịch sinh thái; du lịch nghỉ dưỡng; du lịch tín ngưỡng, gắn với các khu vực: động Hua Mạ, đền An Mạ, thác Đầu Đẳng, động Puông, đảo Bà Góa, Ao Tiên; du lịch nông nghiệp kết hợp trải nghiệm và phát triển sản phẩm OCOP.
