Theo hồ sơ vụ án, Nguyễn Thị Bình được bổ nhiệm làm Hiệu trưởng Trường Trung học cơ sở Ba Đình từ tháng 8/2012 đến ngày 1/6/2016. Phạm Thị Minh Nguyệt là kế toán của trường từ năm 2004 đến tháng 5/2014, còn Mai Thu Hà là thủ quỹ của trường.
Trong năm học 2013 - 2014, Nguyễn Thị Bình và Ban Giám hiệu nhà trường đã chỉ đạo trường tổ chức dạy thêm học thêm tại trường (được Phòng Giáo dục và Đào tạo quận Ba Đình cấp phép). Tại các cuộc họp Hội đồng sư phạm của trường, Bình chỉ đạo cho các giáo viên chủ nhiệm trực tiếp thu tiền của từng phụ huynh học sinh và đồng ý cho tự giữ lại 70% để chi trả trực tiếp cho giáo viên tham gia dạy thêm; số còn lại (30%) nộp về nhà trường qua thủ quỹ Mai Thu Hà ký nhận.
Hà được Nguyệt chỉ đạo trực tiếp nhận số tiền do giáo viên chủ nhiệm nộp về rồi ghi vào sổ tay cá nhân của Hà (“sổ tăng cường”). Sổ này ghi tổng số học sinh học thêm của từng môn và tổng số tiền học thêm theo lớp (có ký xác nhận của người nộp là giáo viên chủ nhiệm, tổng 30% số tiền là hơn 642 triệu đồng, thời gian từ tháng 12/2013 đến tháng 5/2014).
Sau đó, Hà chia đôi sĩ số của một lớp (theo chỉ đạo trực tiếp của Nguyệt), chia đôi số tiền 30% thu được đưa vào 2 sổ quỹ tiền mặt theo danh sách các lớp (một bộ ký hiệu các lớp 7A1, 8A1, 9A1...; một bộ ký hiệu các lớp 7A2, 8A2, 9A2...) và đi lấy chữ ký hợp thức của giáo viên chủ nhiệm rồi chuyển cho Nguyệt. Sau đó, Nguyệt đã sử dụng một phần đưa vào báo cáo tài chính của trường (chịu sự kiểm soát chi của Kho bạc nhà nước và Phòng Tài chính quận Ba Đình cũ), một phần để ngoài sử dụng chi tiêu chung cho nhà trường mà không phải chịu sự kiểm soát chi của Kho bạc nhà nước và Phòng Tài chính quận.
Riêng tháng 2 và tháng 5/2014, Hà không chia thành 2 phần như trên, Nguyệt đã để toàn bộ khoản thu 2 tháng này ngoài sổ sách kế toán. Do vậy, số tiền để trong sổ sách kế toán là 246.838.500 đồng, số tiền để ngoài sổ sách kế toán là 395.636.000 đồng.
Tòa cấp sơ thẩm xác định, trong 6 tháng (từ tháng 12/2013 đến tháng 5/2014), Trường Trung học cơ sở Ba Đình tổ chức dạy thêm học thêm cho 24 lớp khối 7, 8, 9, đã thu tổng số tiền học thêm là 2.167.665.000 đồng; trong đó, mức thu tối đa theo Quyết định số 22 chỉ được thu 1.073.553.000 đồng. Số tiền thu cao hơn quy định là 1.093.976.000 đồng được xác định là thiệt hại của vụ án.
Tại phiên tòa phúc thẩm, đại diện Viện Kiểm sát xác định: Số tiền thu được từ hoạt động dạy thêm học thêm của Trường Trung học cơ sở Ba Đình (30% trong tổng số tiền thu được của phụ huynh học sinh), trường đã tách ra thành 2 hệ thống sổ sách, trong đó có một hệ thống để ngoài sổ sách kế toán, không chịu sự giám sát của kho bạc và tài chính quận Ba Đình (cũ). Bên cạnh việc thu tiền không đúng quy trình, quy định, việc chi tiền của trường cũng có sai phạm.
Viện Kiểm sát nhận định, hồ sơ vụ án thể hiện việc chi cho công tác quản lý là 349,1 triệu đồng, trong đó bị cáo Bình hưởng 132,2 triệu đồng (tương đương 37,87%), 2 Phó hiệu trưởng là bà Hoàng Hạnh Tường Vân và ông Hoàng Mạnh Hà cùng hưởng mức 52,5 triệu đồng (tương đương 15,04%), bị cáo Nguyệt hưởng 50 triệu đồng (tương đương 14,32%), bà Hà (thủ quỹ) hưởng 21 triệu đồng (tương đương 6,02%). Riêng 24 giáo viên chủ nhiệm được hưởng mỗi người 1,1 triệu đồng, tổng là 26,4 triệu đồng (tương đương 7,56%).
Với tỷ lệ chênh lệch này, công tố viên khẳng định bị cáo Bình đã tư lợi cá nhân, việc xét xử bị cáo Bình và Nguyệt về tội “Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ” là có căn cứ, không oan.
