Trong vụ án này, ba bị cáo kháng cáo gồm: Lương Văn Hóa (cựu Chủ tịch Hội đồng quản trị, cựu Tổng Giám đốc Công ty Dược Cửu Long), Nguyễn Văn Thanh Hải (cựu Kế toán trưởng Công ty Dược Cửu Long) và Nguyễn Nam Liên (cựu Phó Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính - Bộ Y tế, Phó trưởng Ban Quản lý thực hiện kế hoạch phòng, chống dịch cúm A H5N1). Các bị cáo làm đơn xin giảm nhẹ hình phạt để sớm trở về với gia đình.
Tuy nhiên, trước khi đưa ra xét xử phúc thẩm, bị cáo Lương Văn Hóa đã tử vong do bệnh. Cụ thể, ngày 7/3/2023, Trại tạm giam T16 Bộ Công an có Báo cáo số 158/T16-HS, thông báo về việc người bị tạm giam Lương Văn Hóa đã tử vong ngày 6/3/2023 tại Bệnh viện Bạch Mai do viêm phổi sốc nhiễm khuẩn, suy đa tạng, K biểu mô di căn hạch theo dõi nguồn gốc từ phổi.
Do đó, chỉ có hai bị cáo là Nguyễn Văn Thanh Hải và Nguyễn Nam Liên tiếp tục tham gia phiên xét xử phúc thẩm.
Hội đồng xét xử phúc thẩm ghi nhận: Hai bị cáo Hải và Liên đã thành khẩn thừa nhận sai phạm. Trong đó, bị cáo Nguyễn Văn Thanh Hải được ghi nhận đã khắc phục xong hậu quả với số tiền hơn 168 triệu đồng. Bị cáo Nguyễn Nam Liên nộp thêm 200 triệu đồng (sơ thẩm đã nộp 200 triệu đồng) và không có tình tiết tăng nặng.
Do đó, Tòa phúc thẩm chấp nhận một phần kháng cáo của hai bị cáo. Cụ thể, bị cáo Nguyễn Văn Thanh Hải (cựu Kế toán trưởng Công ty Dược Cửu Long) được giảm từ 6 năm tù còn 5 năm tù về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ". Bị cáo Nguyễn Nam Liên (cựu Phó Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính - Bộ Y tế) được giảm từ 24 tháng tù còn 15 tháng tù về tội "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng".
Bản án xác định, năm 2005 dịch cúm A/H5N1 diễn biến phức tạp, Bộ Y tế đặt hàng Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long sản xuất thuốc Oseltamivir. Mặc dù Công ty Dược phẩm Cửu Long được giảm giá mua nguyên liệu nhưng ông Lương Văn Hóa (khi đó là Chủ tịch Hội đồng quản trị, kiêm Tổng giám đốc) đã chỉ đạo đồng phạm hạch toán kế toán trái quy định, lập thư giãn nợ, hợp thức hồ sơ thanh toán, báo cáo sai sự thật với Bộ Y tế, che giấu việc giảm giá mua nguyên liệu, nhằm giữ lại số tiền hơn 3,8 triệu USD để sử dụng tại doanh nghiệp, gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước.
Khi đó, Thứ trưởng Bộ Y tế Cao Minh Quang có trách nhiệm kiểm tra việc chấp hành cơ chế quản lý giá đối với các doanh nghiệp sản xuất thuốc theo đơn đặt hàng của Bộ Y tế. Sau khi kiểm tra theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, ông Quang biết Công ty Dược phẩm Cửu Long chưa thanh toán số tiền hơn 3,8 triệu USD mua nguyên liệu nhưng không chỉ đạo tiếp tục kiểm tra, làm rõ.
Tiếp đó, Bộ Tài chính có công văn đề nghị Bộ Y tế tiếp tục kiểm tra làm rõ bản chất số tiền Công ty Dược phẩm Cửu Long chậm trả nhà cung cấp nguyên liệu hay đã được giảm giá để có biện pháp thu hồi cho Nhà nước. Tuy nhiên, ông Cao Minh Quang không thực hiện đầy đủ chức trách, nhiệm vụ được giao, góp phần gây thiệt hại cho Nhà nước số tiền hơn 3,8 triệu USD.
Với hành vi nêu trên, Tòa sơ thẩm đã tuyên phạt cựu Thứ trưởng Bộ Y tế Cao Minh Quang 30 tháng tù nhưng cho hưởng án treo về tội "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng". Cùng tội danh này, các bị cáo liên quan phải lĩnh từ 24 tháng tù - 30 tháng tù (được hưởng án treo).
Ở nhóm tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”, bị cáo Lương Văn Hóa bị tuyên phạt 9 năm tù; Nguyễn Văn Thanh Hải (cựu kế toán trưởng) phải lĩnh 6 năm tù; Ngô Hữu Hiếu Nghĩa (cựu Giám đốc Chi nhánh Thành phố Hồ Chí Minh, kiêm Giám đốc điều hành Phòng Xuất nhập khẩu thuộc Công ty Dược phẩm Cửu Long) cũng bị tuyên phạt 5 năm tù.
