Cụ thể, Ủy ban nhân dân tỉnh Phú Yên đã quyết định xử phạt vi phạm hành chính Công ty Trí Huệ 70 triệu đồng vì đã làm sai một trong các nội dung báo cáo đánh giá tác động môi trường; 35 triệu đồng đối với hành vi thực hiện giám sát chất thải định kỳ không đúng; 320 triệu đồng đối với hành vi xả nước thải vượt quy chuẩn kỹ thuật cho phép về chất thải từ 1,5 lần đến dưới 3 lần, lưu lượng xả thải là 765,78 m3/ngày đêm, đối với thông số Clo dư vượt 2,65 lần. Ngoài ra, Công ty Trí Huệ bị phạt tăng thêm 32 triệu đồng đối với hành vi vi phạm đối với mỗi thông số môi trường vượt quy chuẩn kỹ thuật từ 1,1 đến dưới 1,5 lần.
Ủy ban nhân dân tỉnh Phú Yên cũng buộc Công ty Trí Huệ thực hiện đúng theo nội dung của báo cáo đánh giá tác động môi trường; khắc phục tình trạng ô nhiễm môi trường trong thời hạn 45 ngày. Mọi chi phí tổ chức thi hành biện pháp khắc phục hậu quả do Công ty Trí Huệ chi trả. Công ty này cũng phải chi trả kinh phí kiểm định mẫu nước thải.
Trước đó, tháng 4/2020, Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh phối hợp với Phòng Tài nguyên và Môi trường huyện Tuy An kiểm tra khu vực nuôi tôm của Công ty Trí Huệ và xét nghiệm mẫu nước thải tại vị trí đầu ra thuộc hệ thống xử lý nước thải của công ty. Kết quả, có 1/8 thông số vượt quy chuẩn môi trường là BOD vượt 1,67 lần, với lưu lượng nước thải 37m3/ngày đêm. Thanh tra Sở đã xử phạt vi phạm hành chính 80 triệu đồng đối với Công ty Trí Huệ về sai phạm này.
Ngày 25/5/2021, đoàn kiểm tra của Phòng Cảnh sát môi trường (Công an tỉnh) phối hợp với các cơ quan chức năng tiến hành kiểm tra cơ sở nuôi tôm của Công ty Trí Huệ tại địa chỉ thôn Phước Đồng, xã An Hòa Hải (huyện Tuy An). Qua kiểm tra, lực lượng chức năng đã phát hiện trong quá trình hoạt động, Công ty Trí Huệ thực hiện không đúng một trong các nội dung báo cáo đánh giá tác động môi trường; giám sát chất thải định kỳ không đúng; xả nước thải nuôi tôm chưa qua hệ thống xử lý có chứa các thông số môi trường thông thường vào môi trường vượt quy chuẩn kỹ thuật về chất thải, gồm các thông số: Clo dư vượt 2,65 lần; TSS vượt 1,33 lần, với lưu lượng xả thải là 765,78 m3/ngày (24 giờ).
