Tổng diện tích quy hoạch là 433,2 ha; được xác định trong Hồ sơ xếp hạng di tích quốc gia đặc biệt (Quyết định 1419/QĐ-TTg ngày 27/9/2012 của Thủ tướng Chính phủ).
Về quy hoạch các không gian bảo tồn, tôn tạo di tích, khu vực bảo tồn "Trung tâm tôn giáo Óc Eo" (thuộc Khu IA, có tổng diện tích là 9,58 ha), trong đó quy hoạch phê duyệt xây dựng tuyến đường vành đai bao quanh toàn bộ khu vực; di dời Trường Tiểu học Óc Eo A và Nhà văn hóa ấp Trung Sơn sang khu đất nông nghiệp, nằm tiếp giáp khu vực gò Sáu Thuận về phía Tây Bắc; giải tỏa các hộ dân có ảnh hưởng trực tiếp đến di tích.
Đối với cụm di tích Linh Sơn - gò Sáu Thuận, mở rộng phạm vi khai quật khảo cổ từ gò Sáu Thuận đến chùa Linh Sơn; xây dựng hệ thống mái che bảo vệ các điểm di tích, theo đặc trưng kiến trúc vùng đồng bằng sông Cửu Long; xây dựng cổng chính phía trước gò Sáu Thuận; trồng cây xanh tôn tạo cảnh quan xung quanh.
Khu vực bảo tồn "Trung tâm đô thị cổ Óc Eo" (thuộc Khu IB), có tổng diện tích là 39,52 ha: xây dựng tuyến đường vành đai bao quanh toàn bộ khu vực. Giải tỏa một số hộ dân có ảnh hưởng trực tiếp đến di tích; đối với cụm di tích Lung Lớn - gò Cây Thị - gò Óc Eo - gò Giồng Trôm - gò Giồng Cát, mở rộng phạm vi khai quật khảo cổ khu vực; phục hồi di tích Lung Lớn (đoạn từ gò Óc Eo đến cụm gò Giồng Cát, gò Đế, Giồng Trôm, với chiều dài khoảng 1km); xây dựng mái che bảo vệ di tích gò Óc Eo, gò Giồng Trôm, gò Giồng Cát, theo đặc trưng kiến trúc vùng Đồng bằng sông Cửu Long; xây dựng hệ thống đường nội khu di tích; trồng cây xanh tôn tạo cảnh quan xung quanh.
Phát huy giá trị di tích gắn với phát triển du lịch
Định hướng phát huy giá trị di tích gắn với phát triển du lịch, quyết định nêu rõ, các sản phẩm du lịch chủ yếu như du lịch trải nghiệm: Tham quan, tìm hiểu văn hóa Óc Eo bằng công nghệ 3D thực tế ảo; trải nghiệm đời sống sông nước của cộng đồng dân cư bản địa (tham gia câu lạc bộ đờn ca tài tử, ẩm thực, cây kiểng Nam Bộ...); trải nghiệm nghiên cứu khảo cổ học gắn với hoạt động điều tra, thăm dò và thực hành khai quật khảo cổ.
Về du lịch sinh thái, khai thác tuyến kênh Ba Thê mới, kênh vành đai núi Ba Thê và kênh Thổ Mô để hình thành tuyến du lịch đường thủy; liên kết di tích Óc Eo - Ba Thê với các điểm du lịch quan trọng của vùng Tứ giác Long Xuyên để du khách trải nghiệm, khám phá cảnh quan vùng quê sông nước vào mùa nước nổi; khám phá cảnh quan thiên nhiên gắn với núi Ba Thê.
Các sản phẩm du lịch được hỗ trợ thông qua hoạt động nghiên cứu, bảo tồn di sản văn hóa phi vật thể liên quan đến di tích Óc Eo.
