Theo báo cáo của Tổng cục Thuế, năm 2019, ngành thuế đã thanh tra, kiểm tra 816 doanh nghiệp có hoạt động giao dịch liên kết, truy thu, truy hoàn và phạt 1.719 tỷ đồng, giảm lỗ hơn 7.000 tỷ đồng, giảm khấu trừ hơn 334 tỷ đồng và điều chỉnh tăng thu nhập không chịu thuế hơn 7.500 tỷ đồng.
Theo Vụ Thanh tra - Kiểm tra thuế, tổng số kiến nghị xử qua thanh tra đạt hơn 13.400 tỷ đồng, cụ thể số thuế tăng thu qua thanh tra, kiểm tra là hơn 5.100 tỷ đồng, giảm khấu trừ là hơn 539 tỷ đồng, giảm lỗ hơn 7.700 tỷ đồng.
Tổng cục Thuế đã thanh tra tại một số doanh nghiệp như: Công ty TNHH nước giải khát Coca-Cola, truy thu và phạt hơn 821,4 tỷ đồng; Ngân hàng TNHH MTV Standard Chartered, truy thu và phạt 19,05 tỷ đồng.
Cục thuế Thành phố Hồ Chí Minh cũng thanh tra chi nhánh Công ty TNHH Thiên Ngọc Minh Uy và truy thu và phạt 43,41 tỷ đồng; Công ty Dịch vụ vận tải Tâm Phát bị truy thu và phạt 20,8 tỷ đồng; Công ty Phú Hoàng Oanh bị truy thu và phạt 26,62 tỷ đồng, Công ty TNHH KONE Việt Nam bị truy thu và phạt gần 23 tỷ đồng.
Đặc biệt, Thanh tra Tổng cục Thuế cũng đã công bố kết quả vụ việc thanh tra hoạt động chuyển nhượng vốn của Công ty TNHH nhà máy bia Heineken Việt Nam, truy thu và phạt hơn 917,2 tỷ đồng.
Theo đó, từ cuối năm 2018, Công ty Heineken Asia Pacific Pte. Ltd (trụ sở tại Singapore) có ký hợp đồng chuyển nhượng vốn 100% cổ phần tại Công ty TNHH nhà máy bia Heineken Việt Nam - Hà Nội cho Công ty TNHH Nhà máy Bia Heineken Việt Nam. Giá trị giao dịch này lên đến hơn 4.800 tỷ đồng.
Phía Công ty TNHH Nhà máy Bia Heineken Việt Nam đã nộp tờ khai thuế thu nhập doanh nghiệp (nộp thay) từ giá trị chuyển nhượng nói trên là hơn 823 tỷ đồng. Tuy nhiên, Công ty Heineken Asia Pacific Pte. Ltd đã có văn bản gửi Cục thuế thành phố Hà Nội đề xuất được miễn, giảm số thuế này theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần giữa Chính phủ Việt Nam - Singapore.
Theo Hiệp định tránh đánh thuế 2 lần giữa Chính phủ Việt Nam và Singapore, doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài, các doanh nghiệp khác được quyền chọn nộp thuế ở Việt Nam hoặc Singapore. Thông thường, doanh nghiệp hay chọn nộp thuế ở nước có mức thuế phải nộp thấp hơn.
Tuy nhiên, theo lãnh đạo Vụ Thanh tra - Kiểm tra thuế, quy định tại Hiệp định tránh đánh thuế hai lần giữa Việt Nam - Singapore và Luật Dân sự nêu rất rõ trường hợp giá trị bất động sản trên tổng tài sản chuyển nhượng cao hơn 50% thì nghĩa vụ thuế đối với hoạt động chuyển nhượng nói trên phải thực hiện kê khai và nộp thuế ở nước sở tại (tức là tại Việt Nam).
Qua thanh tra, Vụ Thanh tra - Kiểm tra thuế kết luận, giá trị bất động sản trên tổng tài sản chiếm hơn 50%. Do đó, Heineken phải có nghĩa vụ nộp số thuế trên tại Việt Nam.
Từ cuối tháng 12/2019, ngay sau khi Tổng cục thuế ban hành kết luận thanh tra, Công ty TNHH Nhà máy Bia Heineken Việt Nam đã nghiêm chỉnh thực hiện kịp thời nộp 917,2 tỷ đồng tiền thuế vào ngân sách; trong đó, số thuế chuyển nhượng là gần 823 tỷ đồng và phần còn lại là tiền chậm nộp của doanh nghiệp.
