Theo cáo trạng, Công ty cổ phần SPF - Nhật Bản (viết tắt là Công ty SPF) thành lập Văn phòng đại diện tại Hà Nội từ năm 2008, hoạt động trong lĩnh vực bán và thiết kế các thiết bị sử dụng trong ngành công nghiệp mạ, bán nguyên liệu và dụng cụ mạ; bán và thiết kế điện cực, máy móc hóa học… Tháng 9/2008, Văn phòng đại diện Công ty SPF tại Hà Nội ký hợp đồng lao động và giao cho Phạm Kim Anh chức danh Trưởng phòng Hành chính - nhân sự, có nhiệm vụ phụ trách quản lý văn phòng, quản lý tài khoản ngân hàng, được ủy quyền thực hiện các giao dịch rút số tiền từ tài khoản của công ty tại ngân hàng để chi phí cho hoạt động của văn phòng.
Do cần tiền tiêu xài cá nhân, Phạm Kim Anh nảy sinh ý định chiếm đoạt tiền của Công ty SPF. Bị cáo đã đưa ra thông tin gian dối về việc nước sở tại quy định phải trả phí quản lý văn phòng, phí quản lý vắng mặt vì Trưởng Văn phòng đại diện của công ty thường xuyên không có mặt ở Việt Nam. Đồng thời, bị cáo còn tự nâng giá thuê văn phòng đại diện và đề nghị công ty phải duy trì số dư tối thiểu trong tài khoản của công ty tại ngân hàng. Công ty SPF tin tưởng Phạm Kim Anh nên đã chuyển tiền theo đề nghị của bị cáo, sau đó Phạm Kim Anh rút tiền ra để chiếm đoạt.
Tháng 6/2018, ông Katsunori Miyake (Trưởng Văn phòng đại diện Công ty SPF tại Hà Nội) đến Hà Nội để kiểm tra, đã phát hiện Phạm Kim Anh đã chi nhiều khoản không đúng và đã rút hết số tiền dư tối thiểu trong tài khoản ngân hàng của công ty là hơn 40.000 USD. Sau đó, ông Katsunori Miyake đã gửi đơn đến cơ quan Công an tố cáo Phạm Kim Anh có hành vi lừa đảo chiếm đoạt tài sản của công ty.
Cơ quan tố tụng xác định, trong thời gian từ tháng 2/2011 đến tháng 6/2018, do cần tiền tiêu xài cá nhân, Phạm Kim Anh nảy sinh ý định chiếm đoạt tiền của Công ty SPF. Phạm Kim Anh đưa ra thông tin gian dối về việc Công ty phải trả phí quản lý Văn phòng đại diện 200 USD/tháng, phí quản lý vắng mặt 200 USD/tháng và nâng khống tiền phí gia hạn giấy phép hoạt động văn phòng đại diện từ 1,5 triệu đồng lên 300 USD, nhằm chiếm đoạt hơn 2,1 tỷ đồng.
Tiếp đó, Phạm Kim Anh đề nghị Công ty SPF phải duy trì số dư tài khoản ngân hàng 40.000 USD (để chiếm đoạt hơn 1,1 tỷ đồng); nâng khống giá thuê Văn phòng đại diện Công ty SPF tại Hà Nội ở 2 địa điểm số 29 Quốc Tử Giám và số 24H Minh Khai (để chiếm đoạt hơn 2,3 tỷ đồng). Phạm Kim Anh đã gửi thông báo cho Công ty SPF đề nghị thanh toán các khoản tiền nêu trên. Công ty SPF tin những khoản chi trên là có thật nên đã chuyển tiền vào tài khoản ngân hàng của Văn phòng đại diện Công ty SPF tại Hà Nội. Phạm Kim Anh đã rút tiền trong tài khoản ra để chiếm đoạt.
Tổng số tiền Phạm Kim Anh đã chiếm đoạt của Công ty SPF là hơn 5,5 tỷ đồng. Bị cáo đã bồi thường số tiền 1,1 tỷ đồng, hiện còn chiếm đoạt hơn 4,4 tỷ đồng. Do vậy, ngoài án phạt tù, Tòa tuyên buộc bị cáo phải chịu trách nhiệm hoàn trả toàn bộ số tiền chiếm đoạt còn lại cho bị hại.
