Tại tòa, đại diện Viện Kiểm sát khẳng định cáo trạng truy tố 67 bị cáo trong 10 tội danh là đúng người, đúng tội. Từ năm 2016 đến năm 2020, Trịnh Tiến Dũng (đã bỏ trốn sang Mỹ, đang bị truy nã) đã chỉ đạo thành lập nhiều doanh nghiệp ở Việt Nam và nước ngoài để lập hồ sơ xuất nhập khẩu hàng hóa. Tại Mỹ, Campuchia, Hong Kong (Trung Quốc), Malaysia và Các Tiểu vương quốc Ả rập Thống nhất (UAE), Dũng đã thành lập, sử dụng các pháp nhân để ký các hợp đồng xuất nhập khẩu, giao nhận hàng hóa.
Tại Việt Nam, Dũng chỉ đạo Trần Hoàn Tiên, Trần Nhất Thanh, Mạc Văn Nguyện, Nguyễn Hoàng Lân, Nguyễn Thiên Phú... thành lập một số doanh nghiệp, trong đó phần lớn là các công ty "ma". Các mặt hàng nhập khẩu là chíp, RAM, SD card, Mini PC... đều là hàng giả, đã qua sử dụng nhưng được nâng khống giá gấp nhiều lần. Việc này nhằm lợi dụng chính sách của Nhà nước khuyến khích doanh nghiệp xuất khẩu linh kiện điện tử có thuế suất 0%.
Nhóm của Dũng sau đó ký hợp đồng và xuất hóa đơn giá trị gia tăng để bán linh kiện điện tử cho Thuduc House thông qua trung gian là Công ty cổ phần Wood Trading (Thuduc House nắm giữ 50% vốn, Nguyễn Vũ Bảo Hoàng nắm giữ 8% và bà Tạ Thị Thu Hòa giữ 42%). Doanh nghiệp này sẽ ký các hợp đồng giả cách với nội dung xuất khẩu cho những công ty của Dũng ở nước ngoài rồi xin hoàn thuế.
Để hợp thức hóa hồ sơ đầu vào, Thuduc House đã lập, ký 334 hợp đồng mua bán linh kiện điện tử trong nước với nhiều công ty, với giá trị hơn 4.000 tỉ đồng, trong đó có 10% tiền thuế giá trị gia tăng, tương đương với 365 tỉ đồng. Sau đó, Thuduc House lập 17 bộ hồ sơ gửi Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh và được các bị cáo là cán bộ Cục Thuế Thành phố hoàn thuế cho Thuduc House đối với 15 kỳ (từ tháng 4/2018 đến tháng 6/2019) trái quy định.
Đại diện Viện Kiểm sát đề nghị tuyên phạt cựu Tổng giám đốc Nguyễn Vũ Bảo Hoàng từ 8-10 năm tù, cựu Phó Tổng giám đốc Nguyễn Ngọc Trường Chinh từ 8 - 10 năm tù, cựu Kế toán trưởng Quan Minh Tuấn từ 10 - 12 năm tù, tổng hợp của 2 tội "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản" và "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng”. Cựu Phó cục trưởng Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh Nguyễn Thị Bích Hạnh bị đề nghị tuyên phạt từ 4 - 5 năm tù về tội "Vi phạm quy định về quản lý tài sản Nhà nước gây thất thoát lãng phí".
Đối với nhóm đối tượng là đồng phạm của Trịnh Tiến Dũng trong các hành vi buôn lậu; vận chuyển trái phép hàng hóa tiền tệ qua biên giới; lừa đảo chiếm đoạt tài sản; sản xuất, buôn bán hàng giả; làm giả tài liệu của cơ quan, tổ chức; sử dụng tài liệu giả của cơ quan tổ chức, Viện Kiểm sát đề nghị Trần Nhất Thanh từ 23 - 26 năm tù, Trần Hoàn Tiên từ 21 - 24 năm, Mạc Văn Nguyện 21 - 24 năm tù cho 3 tội.
Các bị cáo còn lại bị đề nghị tuyên mức án thấp nhất là phạt tiền, mức cao nhất là 16 - 19 năm tù, trong đó có 11 cựu cán bộ Thuế, Hải quan được đề nghị án treo.
Về trách nhiệm dân sự, Viện Kiểm sát đề nghị tiếp tục tạm giữ số tiền hơn 365 tỉ đồng mà Thuduc House đã tạm nộp vào tài khoản tạm giữ của Cục Cảnh sát kinh tế, Bộ Công an để phục vụ yêu cầu điều tra để đảm bảo thi hành án. Đây là số tiền hoàn thuế bị chiếm đoạt trong vụ án.
Viện Kiểm sát cũng đề nghị buộc các bị cáo nhóm lừa đảo, buôn lậu... nộp lại số tiền hưởng lợi bất chính; buộc các bị cáo nhóm công chức Hải quan chịu trách nhiệm bồi thường thiệt hại cho Nhà nước; trong đó: Phạm Duy Bình 1,6 tỉ đồng; Nguyễn Lê Hùng hơn 1,2 tỉ đồng; Hồ Hoàng Hải hơn 1,2 tỉ đồng; Hoàng Trung Kiên hơn 1,2 tỉ đồng; Nguyễn Duy Linh hơn 1,1 tỉ đồng; Trần Văn Thành hơn 1,1 tỉ đồng; Bùi Hữu Trên hơn 450 triệu đồng.
Ngoài ra, buộc 4 bị cáo cựu lãnh đạo, cán bộ Thuduc House là Nguyễn Vũ Bảo Hoàng, Nguyễn Ngọc Trường Chinh, Quan Minh Tuấn, Lê Đình Túc phải liên đới bồi thường cho công ty này số tiền 7,7 tỷ đồng, trong đó mỗi bị cáo là hơn 1,9 tỉ đồng.
