Theo đại diện Viện Kiểm sát, các bị cáo trong vụ án là những người thi công công trình giao thông, có trách nhiệm trong từng khâu, từng giai đoạn và từng hạng mục. Tuy nhiên, các bị cáo đã không thực hiện đúng quy định của Nhà nước, chủ đầu tư để xảy ra các sai phạm đặc biệt nghiêm trọng với tổng số tiền bị thiệt hại là hơn 460 tỷ đồng. Các bị cáo phạm tội có tính chất đồng phạm.
Song trong quá trình điều tra và tại phiên tòa, các bị cáo đã ăn năn, hối cải về những sai phạm của bản thân, là những người có nhân thân tốt, lần đầu phạm tội, phạm tội không có tư lợi cá nhân, mong muốn dự án sớm hoàn thành, đưa vào khai thác, sử dụng phục vụ cho xã hội. Tuy nhiên, do không tuân thủ đúng quy định của pháp luật, chủ đầu tư và các quy định về đảm bảo chất lượng công trình nên các bị cáo đã để xảy ra hậu quả nghiêm trọng.
Các bị cáo trong vụ án được đưa ra xét xử về những tội đặc biệt nghiêm trọng nhưng đều là những người làm công, ăn lương, có kiến thức và trình độ chuyên môn trong việc xây dựng các công trình giao thông. Mặc dù Dự án cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi có những sai, hỏng nhưng vẫn đang được sử dụng và việc sớm đưa công trình vào khai thác đã góp phần vào việc phát triển kinh tế - xã hội và đã thu phí giao thông với số tiền rất lớn.
Về kháng cáo của các bị cáo, đại diện Viện Kiểm sát đề nghị Tòa cấp phúc thẩm chấp nhận kháng cáo, giảm nhẹ hình phạt cho 3 bị cáo trong vụ án. Trong đó, bị cáo Mai Tuấn Anh (nguyên Tổng Giám đốc Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam - VEC) được đề nghị mức án 36 tháng tù nhưng cho hưởng án treo. Tại phiên tòa sơ thẩm, bị cáo Tuấn Anh bị Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội tuyên phạt 42 tháng tù về tội "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng".
Bên cạnh đó, đại diện Viện Kiểm sát đề nghị Hội đồng xét xử chấp nhận kháng cáo, giảm nhẹ hình phạt cho bị cáo Nguyễn Văn Thuật (nguyên Giám đốc Ban điều hành liên danh của nhà thầu thi công Gói thầu A1) và bị cáo Nguyễn Thiên Nam (nguyên Giám đốc chất lượng, nhà thầu thi công Gói thầu A1) từ 6 đến 9 tháng tù giam.
Tại phiên tòa sơ thẩm, bị cáo Nguyễn Văn Thuật nhận án 6 năm tù, bị cáo Nguyễn Thiên Nam nhận án 4 năm tù cùng về tội "Vi phạm quy định về đầu tư công trình xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng".
Viện Kiểm sát đề nghị bác kháng cáo, giữ nguyên án sơ thẩm đối với 7 bị cáo còn lại gồm: Đỗ Quốc Vượng, nguyên Giám đốc chất lượng, nhà thầu thi công Gói thầu A4 (án sơ thẩm 4 năm 6 tháng tù); Đỗ Viết Thiết, nguyên Giám đốc chất lượng, nhà thầu thi công Gói thầu A4 (án sơ thẩm 3 năm tù); Nguyễn Anh Sơn, nguyên Giám đốc chất lượng, nhà thầu thi công Gói thầu A5 (án sơ thẩm 6 năm tù); Đoàn Ngọc Hùng, kỹ sư vật liệu (án sơ thẩm 3 năm 6 tháng tù); Nguyễn Tiến Công, kỹ sư vật liệu (án sơ thẩm 4 năm 6 tháng tù), Nguyễn Thọ Minh, kỹ sư vật liệu (án sơ thẩm 4 năm tù); Trần Mạnh Hùng, kỹ sư vật liệu (án sơ thẩm 30 tháng tù).
Về phần dân sự, đại diện Viện Kiểm sát đánh giá, thực tế dự án không đảm bảo chất lượng, chủ đầu tư và các đơn vị tham gia nghiệm thu, thanh toán hơn 460 tỷ đồng cho các đơn vị thi công là không đúng quy định của pháp luật. Do đó, đại diện Viện Kiểm sát đề nghị Hội đồng xét xử bác kháng cáo của các nhà thầu.
Trước đó, Hội đồng xét xử sơ thẩm Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội tuyên buộc 5 nhà thầu phải bồi thường cho chủ đầu tư là Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC) với tổng số tiền 460 tỷ đồng, tương ứng giá trị các gói thầu không đạt chất lượng. Trong đó, Tổng công ty Xây dựng số 1 (CC1) bồi thường cho gói A1 giá trị 47,5 tỷ đồng; Tập đoàn công trình giao thông tỉnh Sơn Đông (Trung Quốc) bồi thường gói A2 giá trị 129 tỷ đồng; Tập đoàn xây dựng tỉnh Giang Tô (Trung Quốc) bồi thường gói A3 trị giá 85 tỷ đồng; Tập đoàn Lotte E&C (Hàn Quốc) bồi thường gói A4 trị giá 127 tỷ đồng và Tập đoàn Posco E&C (Hàn Quốc) bồi thường gói A4 trị giá 71 tỷ đồng. Tòa sơ thẩm ghi nhận nhà thầu CC1 không yêu cầu các bị cáo bồi hoàn. Sau đó, 5 nhà thầu kháng cáo do không đồng ý với phần trách nhiệm phải bồi thường.
