Theo Hội đồng xét xử, hành vi của bị cáo Phương đã làm ảnh hưởng tới sự nghiêm minh của pháp luật, xâm phạm đến hoạt động tố tụng đúng đắn của cơ quan chức năng.
Theo nội dung vụ án, ngày 4/9/2019, Phương được phân công xác minh nguồn tin tội phạm liên quan đến đối tượng Đào Anh Tuấn có hành vi “Làm giả con dấu, tài liệu của cơ quan, tổ chức” xảy ra tại phường Phú Hữu, Quận 9 (nay là thành phố Thủ Đức). Ngày 1/11/2019, Cơ quan Cảnh sát điều tra, Công an Quận 9 đã ra quyết định khởi tố vụ án, khởi tố bị can và lệnh bắt tạm giam Đào Anh Tuấn; đồng thời gửi Viện Kiểm sát cùng cấp đề nghị phê chuẩn. Tuy nhiên, Phương không chuyển qua Viện Kiểm sát để phê chuẩn các quyết định tố tụng trên theo quy định mà cất hồ sơ vào tủ cá nhân tại phòng làm việc khi xác minh Đào Anh Tuấn không có mặt tại nơi cư trú.
Ngày 31/1/2020, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an Quận 9 ra quyết định tạm đình chỉ điều tra vụ án, tạm đình chỉ điều tra bị can và quyết định truy nã đối với Đào Anh Tuấn. Các Quyết định này cũng không được Phương chuyển đến Viện Kiểm sát theo quy định. Đối với Quyết định truy nã bị can Đào Anh Tuấn, Phương không vào sổ đăng ký lệnh, quyết định của Cơ quan Cảnh sát điều tra, Công an Quận 9 để lấy số, đóng dấu mà cho vào hồ sơ vụ án rồi cất vào tủ cá nhân tại phòng làm việc.
Tháng 1/2021, khi có thông tin Đào Anh Tuấn đang lẩn trốn tại tỉnh Ninh Thuận, cán bộ tổ truy nã, Đội Cảnh sát Hình sự, Công an Quận 9 yêu cầu Đoàn Thanh Phương cung cấp quyết định truy nã để bắt đối tượng Tuấn. Để có quyết định truy nã phù hợp với thời gian đăng ký, Phương đã cắt và dán chữ ký của Phó Thủ trưởng Cơ quan Cảnh sát điều tra, Công an Quận 9 để làm giả quyết định này.
Khi bắt được Đào Anh Tuấn, Phương hợp thức hóa hồ sơ và che giấu việc vi phạm; làm giả quyết định phê chuẩn của Viện Kiểm sát bằng cách lấy các quyết định phê chuẩn quyết định khởi tố của một bị can khác rồi cạo xóa, tẩy sửa nội dung thành của Đào Anh Tuấn. Với phương thức này, Phương đã làm giả các quyết định phê chuẩn quyết định khởi tố, phê chuẩn lệnh tạm giam, quyết định gia hạn tạm giam của Viện Kiểm sát đối với Đào Anh Tuấn.
Qua công tác quản lý hồ sơ tạm giam, cán bộ quản lý hồ sơ nhà tạm giữ, Công an Quận 9 phát hiện hồ sơ của bị can Đào Anh Tuấn có hai quyết định gia hạn tạm giam của Viện Kiểm sát bị sai nội dung nên báo cho Phương bổ sung lại. Ngày 7/9/2021, Phương xin rút hai quyết định liên quan để tiêu hủy nhưng không cung cấp quyết định điều chỉnh bổ sung. Vì vậy, cán bộ quản lý hồ sơ tạm giam nhà tạm giữ đã liên hệ Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Thủ Đức đề nghị cấp. Từ đó, Viện Kiểm sát phát hiện vụ án của Đào Anh Tuấn không được thụ lý kiểm sát.
Ngày 19/9/2021, Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Thủ Đức ra quyết định trả tự do cho Đào Anh Tuấn do tạm giam không có căn cứ và trái pháp luật. Ngày 20/9/2021, Cơ quan Cảnh sát điều tra, Công an Thành phố Hồ Chí Minh đã ra quyết định khởi tố vụ án, khởi tố bị can và lệnh bắt đối với Đoàn Thanh Phương.
Tại phiên tòa, bị cáo Phương đã thừa nhận toàn bộ hành vi phạm tội như cáo trạng quy kết. Về động cơ phạm tội, Phương cho biết, do gặp nhiều áp lực trong công việc; đồng thời, những sai phạm về tố tụng của bản thân không thể khắc phục được do Viện Kiểm sát nhân dân Quận 9 đã được sát nhập vào Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Thủ Đức. Bị cáo bày tỏ ăn năn, xin giảm nhẹ hình phạt.
