Theo cáo trạng, từ năm 1989, Phạm Tiến Dũng được bổ nhiệm chức vụ Kế toán trưởng - Công an quận Ba Đình kiêm Đội phó Đội Hậu cần, chịu trách nhiệm về hoạt động tài chính kế toán của đơn vị. Từ năm 1994 đến cuối năm 1996, trong thời gian làm Kế toán trưởng Công an quận Ba Đình, do nợ nần nhiều, Dũng đã lợi dụng quyền hạn được giao để chiếm đoạt tiền của Công an quận Ba Đình thông qua việc Dũng giả chữ ký của các đồng chí Nguyễn Duy Hồng (khi đó là Trưởng Công an quận Ba Đình), Lê Xuân Yên (khi đó là Phó trưởng Công an quận Ba Đình), lập hồ sơ giả để rút hơn 843 triệu đồng gửi tại Kho bạc Nhà nước tại quận Ba Đình và chiếm đoạt.
Cụ thể, từ ngày 24/4/1995 đến ngày 7/12/1996, Phạm Tiến Dũng lợi dụng chức vụ, quyền hạn dược giao, đã viết giả nội dung trên 12 ủy nhiệm chi kèm theo séc bảo chi với tổng số tiền hơn 543 triệu đồng. Trong đó, Phạm Tiến Dũng đã ký tên mình tại mục Kế toán trưởng và ký giả chữ ký của hai đồng chí Lê Xuân Yên, Nguyễn Duy Hồng.
Để rút được số tiền trên tại Kho bạc Nhà nước quận Ba Đình, Phạm Tiến Dũng đã thông đồng với các đối tượng Vũ Thị Liên (sinh năm 1954, trú tại phường Yên Hòa, quận Cầu Giấy, Hà Nội), Phí Đức Lực (sinh năm 1959, trú tại tập thể Giảng Võ, quận Ba Đình, Hà Nội), Nguyễn Văn Dũng (sinh năm 1960, trú tại phố Bích Câu, quận Đống Đa, Hà Nội) mượn tài khoản của Nguyễn Văn Dũng để chuyển tiền nhằm mục đích hưởng lợi và chiếm đoạt.
Ngoài ra, Phạm Tiến Dũng còn làm giả hồ sơ để rút 300 triệu đồng tiền tang vật trong vụ án được gửi tại tài khoản tạm giữ của Công an quận Ba Đình mở tại Kho bạc Nhà nước quận Ba Đình để chiếm đoạt tiền. Cụ thể, ngày 11/11/1995, Công an quận Ba Đình thu giữ 300 triệu đồng của Công ty ADC thuộc vụ án “Cố ý làm trái nguyên tắc, chính sách, chế độ quản lý kinh tế của Nhà nước gây hậu quả nghiêm trọng” xảy ra tại Văn phòng Kiến trúc sư trưởng thành phố. Ngày 13/11/1995, đồng chí công an thụ lý hồ sơ vụ việc đã làm thủ tục chuyển số tiền này vào tài khoản tạm giữ tại Kho bạc Nhà nước quận Ba Đình.
Do cần tiền để trả nợ, Phạm Tiến Dũng đã nảy sinh ý định chiếm đoạt tiền tạm giữ của Công an quận Ba Đình gửi tại Kho bạc Nhà nước quận. Để rút được tiền tạm giữ này, Phạm Tiến Dũng đã làm 1 bộ hồ sơ giả văn bản đề nghị của Thủ trưởng đơn vị, các quyết định của Cơ quan pháp luật có thẩm quyền… rồi chỉ đạo Phạm Thị Diện (sinh năm 1959, khi đó là Thủ quỹ Công an quận Ba Đình) cùng Dũng đến Kho bạc Nhà nước quận Ba Đình để rút 300 triệu đồng trên. Tại đây, Phạm Tiến Dũng là người trực tiếp làm thủ tục rút tiền, Diện là người ký nhận số tiền 300 triệu đồng mang về đơn vị. Phạm Tiến Dũng và Phạm Thị Diện không báo cáo lãnh đạo, không vào sổ quỹ đơn vị, không chuyển cho Đội điều tra tội phạm về kinh tế giải quyết, mà chiếm đoạt 300 triệu đồng để trả nợ và chi tiêu cá nhân.
Đến ngày 12/8/1996, khi Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao có Công văn gửi Công an quận Ba Đình về việc xử lý vật chứng là số tiền 300 triệu đồng trong vụ án, thì sự việc mới được phát hiện. Sau đó, Phạm Tiến Dũng bỏ trốn, bị Cơ quan điều tra ra lệnh truy nã. Tới ngày 20/12/2023, Phạm Tiến Dũng đến Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an thành phố Hà Nội đầu thú và khai nhận toàn bộ hành vi phạm tội.
Quá trình điều tra, các bị can Phí Đức Lực, Vũ Thị Liên, Nguyễn Văn Dũng đã nộp hết số tiền hưởng lợi là hơn 6,5 triệu đồng. Còn lại số tiền hơn 836 triệu đồng, Phạm Tiến Dũng chiếm đoạt của Công an quận Ba Đình đến nay chưa khắc phục.
Do Phạm Tiến Dũng bỏ trốn nên 4 bị can: Phí Đức Lực, Vũ Thị Liên, Nguyễn Văn Dũng và Phạm Thị Diện đã được Cơ quan tố tụng tạm đình chỉ điều tra bị can ở nội dung có liên quan đến Phạm Tiến Dũng. Đến nay, do hết thời hiệu truy cứu trách nhiệm hình sự nên 4 bị can nói trên không bị truy cứu trách nhiệm hình sự về những nội dung này..